Psathyrella spadiceogrisea - Update des Phylogramms

[font="Arial"]Hallo Pilz-Freunde,
dieser Bericht ist wieder vor allem für die Psathyrella-Freunde interessant.
Unser Forianer Andreas (pilzmel) hat mir 2 neue Psathyrella-Sequenzen aus dem Spadiceogrisea-Komplex gesendet:
AM1884 --> 99% Psathyrella spadiceogrisea
und
AM1885 --> 99% Psathyrella spadiceogrisea (allerdings sind 99% zu einer falsch bezeichneten spadiceogrisea-Sequenz)
--> das ist der Pilz von unserem Forianer Robert - siehe hier:
https://www.pilzforum.eu/board…ing?highlight=Psathyrella

Logischer Weise versuchen wir damit ein Update des zuletzt erstellten Phylogramms und eine noch feinere Zuordnung zu den Arten.
Da ich inzwischen auch schon wieder dazu gelernt habe wird sich wohl an der ein oder anderen Stelle noch eine Änderung ergeben.
Und los geht's...

Zunächst wiederhole ich noch einmal die Ausgangs-Sequenzen vom letzten Phylogramm vom Stand 12.03.2017.
Wir hatten:

DQ389682 (P. spadiceogrisea - Schweden) ist laut Andreas aber P. casca
KC992878 (P. spadiceogrisea - Schweden) - muss casca sein.
AM712278 (P. aff. casca - Österreich) ist eine P. casca nahestehende Art. (aff = affin)
AV080419d (P. casca von Andreas' Homepage)
AM1461 (P. casca von Andreas' Homepage)
AM1814 (P. casca von Andreas' Homepage)
geheime Sequenz 01
AM712277 (P. phegophila - Österreich)
DQ389683 (P. clivensis - Schweden)
FN396129 (P. phegophila - Ungarn)
FM878024 (P. spadiceogrisea - Ungarn)
AM1668 (P. groegeri von Andreas' Homepage)
geheime Sequenz 02
geheime Sequenz 03
DW160426 (P. fatua - Deutschland) von mir selbst (Dieter Wächter)
DW160430 (P. groegeri - Deutschland) von mir selbst (Dieter Wächter)
KC992879 (P. fatua - Schweden)
DQ389681 (P. fatua - Schweden)
AM487 (P. fatua von Andreas' Homepage)
AM445 (P. fatua von Andreas' Homepage)
FN396142 (P. fatua - Ungarn) - wahrscheinlich falsch bestimmt.
AM1242 (P. spadiceogrisea von Andreas' Homepage)
AM1244 (P. spadiceogrisea von Andreas' Homepage)
AM1581 (P. spadiceogrisea von Andreas' Homepage)
AM1671 (P. spadiceogrisea von Andreas' Homepage)
AM1675 (P. spadiceogrisea von Andreas' Homepage)
GENTE3.35.43 (P. spadiceogrisea von Andreas' Homepage)
GENT563 (P. spadiceogrisea von Andreas' Homepage)
GENTJR3565 (P. spadiceogrisea von Andreas' Homepage)
HIAS120608 (P. spadiceogrisea von Andreas' Homepage)
AM712276 (P. spadiceogrisea - Österreich)
KC992871 (P. ammophila - Schweden)
KC992872 (P. ammophila - Schweden)
KC992876 (P. thujina - Schweden)
[/font]
[font="Arial"]Die Outgroup war JN021052
[/font]
[font="Arial"]Wir erinnern uns an das damalige Phylogramm vom 12.03.2017:

[/font]
[font="Arial"]Was folgte:
Bei meiner DW160426 hatte ich noch ein übersehenes Basenpaar (Doppeldeutigkeit) welches falsch war.
Bei meiner DW160430 hatten sich ebenso 2 fehlerhafte Basenpaare eingeschlichen.
Das habe ich erst mal beides korrigiert. An den Bestimmungen ändert sich dadurch jedoch nichts (Abweichung durch solche Fehler liegen im Promille-Bereich).
Einige kleine Alignment-Fehler hatte ich ebenso übersehen und korrigiert.
@ Andreas: Was mir auffiel: bei den Enden und Anfängen einiger Sequenzen Deiner Homepage scheinen sich noch ein paar Basenfehler eingeschlichen zu haben, oder sie fielen bei der ersten Korrektur noch nicht auf, da es zu der Zeit noch keine Vergleichssequenzen gab. Hier sollten wir bei Gelegenheit nochmal die Confidence Scores ansehen und manuell noch etwas daran feilen, dadurch ändert sich das folgende Phylogramm noch leicht.

Das Phylogramm wächst...
Dann ergänzte ich zu den Sequenzen die 2 neuen von Andreas. Von beiden lagen sowohl ITS-Region als auch LSU Region jeweils als reversed Complement vor:
AM1884 --> 99% Psathyrella spadiceogrisea - Qualität sehr gut (ITS und LSU) - es war keinerlei Korrektur nötig.
und
AM1885 --> 99% Psathyrella spadiceogrisea - ITS: Qualität gut - ein paar wenige double peaks und low reads. Es stellte sich aber später heraus dass keine Korrektur nötig war. LSU: Rohdatan mit sudden drop, schlechte confidence scores - macht aber nichts - werte ich nicht aus.
[/font]
[font="Arial"]Dann erstellte ich aus dieser kompletten Sammlung das Phylogramm.
Modell: Maximum Likelihood
Statistik-Methode: Neighborhood joining
Test: Bootstrap mit 500 Replikationen
Gaps und Missings: entfernt

Ergebnis:


Das ist das genaueste was mit den aktuellen Daten momentan möglich ist.

Interpretation der neuen Funde:
AM1884 würde ich eindeutig P. spadiceogrisea zuordnen.
AM1885 würde ich eindeutig P. casca zuordnen.

Sonstiges:
P. ammophila lässt sich wohl eher nicht als P. spadiceogrisea s. l. ansehen.
In der Casca-Clade steht Arbeit an: Die neuen Arten (noch geheime Sequenzen) und die sich immer deutlich abgrenzenden Arten sauber makroskopisch/mikroskopisch beschreiben. Vielleicht findet man eindeutige Trennungsmerkmale.
@ Andreas: bei den Sequenzen mit den langen Ästen sollten wir mal eine Divergence map machen und das Chromatogramm mal untersuchen wo da diese starke Divergence her kommt. Aber die Zuordnung zu den Arten - rein rechnerisch - ist auch so eindeutig.

Was kommt:
Matthias und ich haben schon wieder einige Spadis gefunden. Sequenzierungen sind in Arbeit.
Beste Grüße
Dieter
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