Der Fluch der Sequenzierung

Hallo Ralf,

eine gute Entscheidung die Diskussion hierher auszulagern. Ich schrieb ja schon zu dem Thema in Dieters Beitrag. Bei den Ascomyceten fehlt mir die Erfahrung. Da kann ich wenig mitreden. Ich weiß aus mehreren zuverlässigen Quellen, dass die Sequenzierung der ITS-Sequenz z.B. bei den Aspergillen keinen Sinn macht, weil die dort immer mehr oder minder gleich ist. Nun gilt es da andere Genabschnitte zu finden, welche zu einer Artunterscheidung taugen. Bei den meisten Basidiomyceten funktioniert die Artabgrenzung mit Hilfe der ITS sehr gut. Eine Ausnahme hier wären z.B. die Hebelomen.

Zu deinen Gedankengängen oben: Ich habe mich letztes Jahr sehr intensiv mit Marco Thines darüber unterhalten und er ist der Meinung, dass eine Artabgrenzung allein durch genet. Unterschiede in der Untersuchungssequenz nicht "erlaubt" werden dürfte. Wenn sich die genet. Unterschiede sich im Phänotyp zeigen, besteht eine Art Pattsituation.
Ditte hat zur DGfM-Tagung einen sehr tollen Vortrag über Ihre und Bernds Arbeit gehalten. Sie geht da genau den goldenen Mittelweg. Sie findet (vorher nicht erwähnte, bzw. beachtete) Merkmale, welche sich dann zur Artabgrenzung zu der entsprechenden sehr ähnlichen Nachbarart eignen. Diese Unterscheidungsmerkmale werden dann auch in Ihrer Monographie erscheinen, so dass zumindest die Inocyben sicher bestimmt werden können. Zudem entwirrt sie und Bernd mit der Sequenzierung viele Arten, die vorher zu unrecht synonymisiert worden sind.

Die Sequenzierung zu "verteufeln", bzw. die Feldmykologie und die wiss. Mykologie trennen zu wollen, finde ich nicht korrekt. Vielmehr sollte beides die "Hand-in-Hand gehen" und von den Erfahrungen und Wissen des anderen profitieren. Dass dabei Taxone geändert werden, ist schon nervig, das gebe ich gerne zu. Dass aber dadurch eine Taxonomische Ordnung in diversen Gattungen, wie z.B. den Cortinarien geschafft wird, und es gibt da noch einige weitere, ist ein für die Feldmykologie unersetzbarer Vorteil. Zum Glück kenne ich beides.

l.g.
Stefan

Zitat von Rada

Zitat von Climbingfreak

Die Sequenzierung zu "verteufeln", bzw. die Feldmykologie und die wiss. Mykologie trennen zu wollen, finde ich nicht korrekt. Vielmehr sollte beides die "Hand-in-Hand gehen" und von den Erfahrungen und Wissen des anderen profitieren. Dass dabei Taxone geändert werden, ist schon nervig, das gebe ich gerne zu. Dass aber dadurch eine Taxonomische Ordnung in diversen Gattungen, wie z.B. den Cortinarien geschafft wird, und es gibt da noch einige weitere, ist ein für die Feldmykologie unersetzbarer Vorteil. Zum Glück kenne ich beides.

Fromme Wünsche Stefan,

bei Bernd und Ditte, sowie vielen anderen Mykologen die ich kenne sehe ich da überhaupt keine Probleme. Allerdings gibt es weltweit eine Vielzahl an Labormykologen deren Arbeit ja bezahlt werden muss. Und bezahlt wird in der Wissenschaft i.d.R. nur, was Ergebnisse bringt. Das, gepaart mit dem sicher vorhandenen Geltungsbedürfnis mancher forschenden Zeitgenossen, wird eine Schwemme "neuer" Arten auslösen. Davon bin ich fest überzeugt.
Das die Sequenzierung ein gutes Hilfsmittel sein kann, habe ich oben ja auch bemerkt. Aber mehr darf sie nicht sein.

Hi,

neue Arten, bzw. Variationen kannst du auch sehr gut ohne die Sequenzierung schaffen. Frag mal diverse französische Mykologen. Die haben erst das Treiben bei den Cortinarien z.B. verrückt gemacht und es wird noch einiges an Zeit ins Land gehen, bis da taxonomisch einigermaßen "aufgeräumt" wurde. Die jetzigen Cortinarienexperten müssen quasi die Fehler/Sünden ihrer Vorgänger wieder korrigieren.

Wie sich das ganze weltweit auswirkt (Stichwort Labormykologen), kann ich nicht beurteilen, aber die Mykologen, welche sich mit der Sequenzierung befassen und die ich inzwischen kennenlernen durfte (und das waren nicht "nur" Ditte und Bernd, sondern z.B. auch UniversitätsprofessorInnen), gehen mit der Sequenzierung und den daraus erhaltenen Ergebnissen sehr sorgfältig um.

l.g.
Stefan

Zitat von Safran

Zwischen dem Affen und dem Menschen besteht ja weitestgehende Übereinstimmung, wenn das gesamte Genom sequenziert wird. ...

Inwieweit sind den bei Pilzen überhaupt schon die Merkmale einer Gattung, einer Art im Genom bestimmt worden?
Ja, da ist jetzt eine Laienfrage, aber ich denke so rein spontan, daß es darauf ankäme.

Beim Menschen ist man ja zumindest schon so weit, daß Gattung und Art "Mensch" bestimmt werden kann und sogar noch mehr: geographische Herkunft der Vorfahren...... Aber sind beim Menschen schon überhaupt die Merkmale der Rassen ( ja dieses Wort darf man eigentlich nicht mehr benutzen- ja ich weiß) im Genom festgestellt worden?

Aber ich als absoluter Laie würde vermuten, daß sich Arteigenschaften auf relativ wenigen Genomplätzen rauskristallisieren müßten, WENN man dies Plätze überhaupt finden würde.

Alles anzeigen

Hi,

das ganze ist komplizierter.

1. Gibt es nicht den "Affen". Das sind einige Gattungen mit sehr vielen Arten bei den Menschenaffen (Gattungen gibt es Pongo, Gorilla, Pan und Homo). Wenn wir jetzt vom Gasamtgenom ausgehen haben unsere weiter entfernten Verwandten, den Orangs mit etwa 96% Übereintimmung und den Schimpansen mit 99%; bei den Bonobos 99,5%. Das sind aber die Übereinstimmungen des Gesamtgenoms. Natürlich muss man zur genet. Unterscheidung dann bestimmte Gensequenzen raussuchen, welche eine Artbestimmung zulassen. Zudem gibt es noch individuelle Genabschnitte. Dass das Gesamtgenom erfasst/"entschlüsselt" wurde, heißt nicht, dass man von jedem Genabschnitt genau weiß, was er da macht. Das ist jahrelange Forschungsarbeit, die gerade geleistet wird. Den aktuellen Stand dazu gibt es nicht.

Bei Pilzen ist es anders. Das Gesamtgenom ist, wenn überhaupt, nur bei sehr wenigen Arten "entschlüsselt". Hier sind es nur Teilsequenzen von 800 bis 1000 Basenpaaren, die miteinander verglichen werden. Bei vielen Pilzen hat sich da die sog. ITS-Sequenz eingebürgert. Einige Arten lassen sich aber damit nicht trennen. Hier müssen andere Teilsequenzen gesucht werden, die sich zu einer Unterscheidung besser eignen.

Oehrling: Das hätte ich nicht besser ausdrücken können, aber genau so ist es! Ich hoffe sehr, dass die Monographie von Ditte bald rauskommt, aber von Bernd weiß ich, dass es wohl noch ein paar Jahre dauert. Aber ich bin mir sicher, dass mit der Monographie Risspilze nur anhand von Makro- und Mikroskopie sicher bestimmt werden können. Das meinte ich oben auch mit "Hand-in-Hand" arbeiten.

Moin zusammen!

Erstmal dankeschön, daß du die Diskussion in ein eigenes Thema verlagert hast, Ralf.
Das ist allemal das Beste so.

Viel kann man dazu schreiben, eine Menge wurde auch schon geschrieben und nicht nur hier, sondern auch in anderen Themen.
Eigentlich sollte ich da nicht viele Worte verlieren, aber es ist eben eine wichtige Thematik aus meiner Sicht. Wie wichtig man das nimmt: Das hängt eben davon ab, welche Zielsetzungen und welche Ansprüche man an sich selbst hat.
Für alle, denen es um die Schönheit der Pilze in ihrem Lebensraum geht, um den Sammelerfolg und um die Erhohlung auf Wald und Feld zusammen mit der Betrachtung und / oder Photografie von Pilzen dürfte diese ganze Baustelle eher nachrangig sein.
Sieht man tatsächlich Pilze als Forschungsgebiet und beginnt darin auch einen gewissen Anspruch und Ehrgeiz zu entwickeln, dann bekommt diese Thematik eine ganz andere Dynamik.

Nur: Ich sehe wirklich gar kein "entweder - oder" dabei. Eher im Gegenteil. Wie in allen anderen Bereichen der Biologie auch hat sich die Mykologie aus der Beobachtung von Formen entwickelt. Also aus der Morphologie der betrachteten Lebewesen.
Das ist bei Fauna und Flora nicht anders.
Nur haben sich die Betrachtungen der in den jeweiligen Reichen unterschiedlich entwickelt. Was unter anderem daran liegt, daß die Mykologie (und damit meine ich die ernsthafte Forschung) stets weniger Beachtung und weniger Attraktivität erfahren hat, als die wissenschaftlichen Studien in Tier- oder Pflanzenreich. Somit als Stiefkind der Biolgie konstant im universitätswissenschaftlichen Bereich oft benachteiligt und unterrepräsentiert, hat sich überhaupt so etwas wie eine Spaltung entwickeln können; also dieser von vielen empfundene Graben zwischen Feldmykologen und Universitätsmykologen.
Wobei sehr wohl Versäumnisse auf beiden Seiten liegen.
Einen Organismus nur über molekulare Eigenschaften zu betrachten ergibt ein genauso unvollständiges und letztlich fehlerhaftes Bild wie das Ignorieren dieser Möglichkeiten. Anders ausgedrückt: Eine Peziza anhand der Bilder in Pilze der Schweiz (oder auf 123-Pilze) zu bestimmen führt ebenso zu einem sinnlosen Ergebnis wie eine Peziza nach einer ITS - Sequenz zu bestimmen.
Und da sind wir bei dem Problem der unterschiedlichen Erwartungshaltungen und Zielsetzungen.
Ein Forschungslabor an einem Institut muss finanziert werden, die monetären Zuwendungen sind abhängig von den Ergebnissen. Untersucht wird primär natürlich das, was sich von einem Geldgeber direkt zur Umsatzsteigerung verwerten lässt. Darum ist es viel interessanter, an Phytoparasiten oder marinen Pilzen mit zytostatischen Inhaltsstoffen zu forschen als an Cortinarien oder Inocyben.
Was völlig in Ordnung und auch sinnvoll ist. Hier werden auch durchaus solide Ergebnisse erzielt, vor allem auch bei Pilzen, denen über rein morphologische Merkmale kaum beizukommen ist. Leider hat sich (auf Deutschland bezogen) diese Konzentration auf solche Randbereiche der Mykologie sehr stark entwickelt, so daß die gewaltige Formenvielfalt der sonstigen Asco- und Basidiomyceten völlig den "Hobbymykologen" überlassen wird.
Ist ja auch klar, weil die mykologischen (wissenschaftlich relevanten!) Grundlagen dort zum Großteil in der Morphologie der geschlechtlichen Fruchtkörper liegen. Heißt im Klartext: Eine wissenschaftlich belastbare Forschung ohne morphologische Formenkenntnis und damit ohne Kenntnis der mykologischen Schriften und Quellen seit Persoon und Fries ist sinnlos und unwissenschaftlich. Weil aber im Bereich der Mykologie sehr viele maßgebliche Arbeiten nicht über institutionelle Organe veröffentlich wurden, steht mancher Biologe (mit Hochschulabschluss) hier vor einem Problem.
Er müsste ebenso akribisch arbeiten und recherchieren, wie das ein Mykologe ohne fachspezifischen Hochschulabschluss tut (Ditte Bandini wurde hier schon genannt, Andreas Melzer und Ingo Wagner haben sich selbst schon geäußert, um nur drei Beispiele zu nennen). Leider ist das von Seiten seiner Fakultät für die meisten Bereiche nicht vorgesehen.
Es gibt allerdings durchaus Beispiele für promovierte Biologen, die selbst hervorragende Mykologen sind und auch über eine enorme morphologische Formenkenntnis verfügen.

Die Grenzen sind also fließend, und genau so soll das doch auch sein, meiner Ansicht nach.
An der Zusammenarbeit kann man noch vieles optimieren. Das wäre aus meiner Sicht das viel relevantere Thema, als sich darüber zu streiten, wer nun recht und wer unrecht hat, oder die "wichtigste Frage der Welt" ( ) zu stellen: Wer ist schuld?

Da ist - aus meiner Sicht - die DGfM gefordert, und da ist - meines Wissens nach - die DGfM auch durchaus aktiv.
Sicherlich muss letztlich das Ziel sein, zu einem international anerkannten System zu gelangen, um Erkenntnisse zu bündeln und auch zu beurteilen.
Dazu müssen aber in jedem einzelnen Land erstmal die Voraussetzungen stimmen, also was uns betrifft ist in erster Linie mal die Forschungsarbeit in Deutschland und Europa. Da müssen wir erstmal hinterher sein, die besten Arbeitsweisen zu entwickeln.
Sicher ist es ärgerlich, wenn dabei Publikationen (egal ob aus Europa oder aus anderen Kontinenten) auftauchen, die wissenschaftlich irrelevant sind, aber als mykologische Publikation verkauft werden (siehe Sequenzierungsdaten ohne morphologische Dokumentationen, unsaubere Sequenzen oder Sequenzen mit faschem Artnamen / Fehlbestimmungen). Genauso ärgerlich ist es aber auch, wenn in Datenbanken unkritische Dokumentationen auftauchen, weil man diesen Rindenpilz oder jenen Schleierling halt immer schon so bestimmt hat und meint jedes neuere Forschungsergebnis ignorieren zu müssen (siehe nach "Pilze der Schweiz" bestimmte Peziza).
Mich ärgert ja schon, wenn ich im Netz nach Vergleichsbildern zu irgendeinem Rindenpilz suche und nichts finde, wo auch eine Mikrodoku dabei ist. Weil das dann in den meisten Fällen halt ebenso wertlos ist.

...

Mist, jetzt habe ich doch viel mehr geschrieben, als ich wollte.
Eigentlich sollte das nur heißen: Wenn es Gräben gibt zwischen "moderner" Methodik und "alter" Formenkenntnis, dann sollten wir die Gräben zuschütten und nicht tiefer buddeln. Weil nur das bringt beide Seiten voran. Und damit letztlich auch den einzelnen Pilzfreund, der sich mit dieser ganzen Diskussion und auch den wissenschaftlichen Aspekten der Mykologie aus welchen Gründen auch immer gar nicht beschäftigen mag. Trotzdem freut der sich auch, wenn sein Pilzbuch oder seine App besser funktioniert und belastbarere Ergebnisse bringt.

LG, Pablo.

Hej.

Ich finde das übrigens gerade einen wichtigen Punkt.
Stephans Aussage könnte man auch so interpretieren: Die Morphologie von Pilzen ist mitunter so komplex, daß viele Datensätze in Kartierungsprojekten unzuverlässig sind.
Das liegt oft nicht an den Feldmykologen, die die Daten zusammentragen, sondern eben daran, daß es unklare Artabgrenzungen, knifflige taxonomische Situationen oder einfach nur unzureichend erforschte (zB weil seltene) Artengruppen betrifft.

Solche "kritischen Gruppen" besser zu bearbeiten und solider zu erforschen, da ist die Genetik eben wohl ein wichtiges Hilfsmittel.
Das sehe ich eben so, wie Ingo schreibt: Die Kombination aus Beobachtung der Organismen in Morphologie und Ökologie, kombiniert mit der Genetik schafft weitere Anhaltspunkte und kann Klarheit schaffen.
Wenn das dabei so läuft, wie in den Negativbeispielen (Mineralien - Anmerkung von Ralf oder der durchsequenzierte Erdklumpen mit 10 neuen Pilzarten), ist natürlich nichts gewonnen, aber solche Ergebnisse muss man ja nicht ernst nehmen, die kann man im wissenschaftlichen Bereich ja auch einfach ignorieren.

Die interessantere Frage, die dahinter steckt ist aber folgende:
In Fauna und Flora ist es völlig normal, daß man sich spezialisiert. Niemand würde auf die Idee kommen, in ein kartierungsgebiet zu gehen und dort innerhalb von sagen wir zwei Jahren alle Tierarten kartieren zu wollen. Das wäre totaler Humbug, niemand kann das, niemand käme auf die Idee, daß das so zu machen wäre. Da kommt ein Käferspezialist und beobachtet nur diese Krabbeltierchen. Dann jemand für Vögel, wieder jemand für Schmetterlinge, noch eine wegen den Florfliegen und so weiter.
Schon mal einem Universal - Faunisten begegnet? Ich nicht. Im Pflanzenreich ist es nicht ganz so extrem, aber auch da werden viele Daten von Spezialisten gesammelt, oder?
Warum sollte das bei Pilzen anders sein? Das Pilzreich hat vielleicht nicht ganz die Formenvielfalt der Fauna, aber eine größere als die Flora, dennoch wird von einem Pilzkartierer erwartet, daß sie / er jeden Pilz bestimmen muss?
Aus meiner Sicht kann das nicht seriös funktionieren.
Vielleicht wäre es in der Tat sinnvoller, auch da zumindest grob zu spezialisieren.

Für die einzelnen Forscher, die sich dann auch neben der Erforschung der Morphologie auch mit der Genetik befassen, ist das doch Alltag.
Ditte eine Scutellinia zuzuschicken wäre ja auch Blödsinn, und Andreas (Melzer) könnte damit ebenfalls nichts anfangen.
Was natürlich auch die Flut an zugeschickten Proben etwas eindämmt.

Aber ich glaube zu verstehen, was du meinst, Ralf.
Das ist ja im grunde auch meine Sorge, daß eine Erwartungshaltung entsteht, bei der die gesamte breite Basis nicht mehr mithalten kann und quasi über Bord geworfen wird. So nach dem Motto: Kartierungsdaten nur noch mit dokumentierter Sequenz zu jedem Fund. Wenn aber diese Basis an Feldmykologen wegbricht, kannst du den Rest auch vergessen. Es wäre niemand mehr da, der im Feld die Pilze "sortiert", dokumentiert und die Daten zusammenträgt.
Einen Genetiker, der sich noch so gut mit seinem Fachgebiet auskennt, kannst du ja nicht raus in den Wald schicken zum perlpilze zählen, wenn's blöd läuft kommt der mit lauter Samtfußkremplingen zurück.
Oder anders ausgedrückt, passiert das:

Zitat

P.S.: Was eines der störendsten Dinge ist, wenn man sich mit Sequenzen beschäftigt, ist übrigens der schon angesprochene Müll.
Wenn also andere Fliegenpilz-Sequenzen bei Rötlingen oder Dachpilzen oder Nebenfruchtformen des Birnengitterrostes auftauchen (Stark überspitzt dargestellt, aber im Prinzip erlebt man das so).
Wöllte man dann nachschauen, wie ihr sequenzierte Fliegenpilz denn aussieht (also der, der bei den Rötlingen gelandet ist), um der Wahrheit auf die Spur zu kommen, ist natürlich prinzipiell nirgends etwas hinterlegt oder man kommt nicht ran.

Und da bleibe ich bei meiner radikalen Meinung, auch wenn es schade ist für die Leute, die sich die Mühe mit den Analysen gemacht haben:
Ein Datensatz ohne morphologische Doku dazu? Noch nicht mal eine Möglichkeit, wo man einen Beleg ansehen könnte?
= Datenmüll, gehört gelöscht.
Das ist genau der Punkt, wo ich deine Sekpsis voll teile, Ralf: Denn wer entscheidet letztlich, welche Daten aufzunehmen sind und welche nutzlos?
Das ist momentan für mich nicht greifbar, da sehe ich keine lenkende Struktur, die eine vernünftige Richtung vorgibt.
Was also ein Punkt wäre, an dem zu arbeiten ist.

LG, Pablo.