Der Fluch der Sequenzierung

Es gibt 70 Antworten in diesem Thema, welches 15.100 mal aufgerufen wurde. Der letzte Beitrag () ist von Beorn.

  • Hallo Craterelle!


    Zitat


    Mein Anlass, mich mit der ganzen Thematik auseinanderzusetzen, war die Bemerkung eines Pilzfreunds, dass einer seiner Kollegen die Mykologie an den Nagel hängen wollte, weil er seine Arbeit durch die Sequenzierungen gefährdet/missachtet/entwertet sah (den genauen Wortlaut weiß ich nicht mehr, tut aber wenig zur Sache, weil ohnehin nur aus zweiter Hand).
    Da läuft doch offensichtlich etwas gewaltig schief?


    Ist wohl wie überall, liegt daran, wer was womit daraus macht.
    Mir haben die Ergebnisse sehr geholfen beim Verstehen einiger Holzmollisien. Ich sags gleich, irgrendwelche endgültige Bewertungen anhand nur einer Sequenz ist für mich Unsinn. Da kann nämlich einiges schief laufen, und dann kommt man eben auch mal zum Ergebnis, dass der Fliegenpilz eigentlich ein Birnengitterrost ist.


    In den wenigsten Fällen haben die Sequenzergebnisse meine Bestimmungen boykottiert, lediglich anders sortiert.
    Also wenn man z.B. meint, dass 2 aus menschlicher Sichtweise sehr ähnliche Arten unbedingt im Bäumchen beieinanderstehen müssen, weil wir eben bisher erst wenig Unterschied gefunden haben, dann wird man manchmal überrascht.


    Per Evolution sind manchmal recht gleiche (momentane) Ergebnisse rausgekommen über unterschiedliche Wege, was man dann halt im Bäumchen der Abstammungsherleitung sieht.
    Als Beispiel würde mir einfallen, dass ja sehr unterschiedliche Gattungen für die Oberflächenvergrößerung der Fruchtschicht mit der Lamellenform "rumgespielt" haben.
    Die genauen Zusammenhänge kenne ich jetzt nicht, aber der Spaltblättling, der Speisetäubling und der Riesenschirmling sind ja nicht gerade sehr verwandte Arten.
    Oder für einen Mykologischen Wenig-Auskenner (MWA) sind ja auch Pfifferling und Falscher Pfifferling fast gleich, und sollten deshalb bei einer Pilzausstellung besser nebeneinander liegen, auch wenn das entwicklungstechnisch falsch ist.


    Ich glaube, das ist das, wovor man so ein bisschen Angst hat.
    Als aktuelles Beispiel könnte man eben Psilocybe aufführen, die Zuwachs durch Stropharia kriegt, sich aber Deconica verabschiedet oder so ähnlich.


    Dass jetzt alles vom Feldmykologen nicht mehr bestimmbar ist, glaube ich nun nicht.
    Als Makroskopiker und allumfassend interessierter Feldmykologe hat man ja ohnehin immer schon besser die Finger von bestimmten Gattungen sein lassen sollen wie Schleierlinge, Rötlinge, Weichbecherchen, helle Corti-Belage usw.
    So nach und nach sind Filzröhrlinge per Auge nicht mehr bestimmbar gewesen, Neben dem Weißen Jungfernhaarbecherchen stellen sich plötzlich 50 andere, Pezizen gehen selbst mit Mikro schlecht usw.


    Und jetzt mit der Sequenziererei sieht man sich auch noch der letzten Pilzgattungen beraubt, und offizielle Pilzwanderungen müssen ausfallen, weil der führende PSV ein schlechtes Gewissen kriegt, wenn er einen Perlpilz als Perlpilz verkauft.


    Ich denke, da liegt die Hundsrute begraben.


    Ich selbst bin ja wie einige andere davon überzeugt, dass Makromerkmale weiterhin aktuell sind, und dass Mikromerkmale nichts widersprüchliches zu Sequenzergebnissen darstellen.
    Suspekt sind mir aber die Aufdröseler, die für jede Abweichung innerhalb der Gattung sofort eine neue brauchen. Ob das immer so sein muss?


    VG Ingo W

    ________________________________________________________________
    "Pilz nur von oben ist wie Käfer nur von unten"

    145-15 (Teilnahme APR 2023) = 130+3 (10. Platz) = 133+3 (Unbewusst-Phal) = 136+5 (Lupus-Wette-APR-Sieger=ü300) = 141+5 (GnE-Gewinnsteuer-APR23) = 146+7 (Phalplatz 1) = 153-20 (Teilnahme APR 2024) = 133+5 Honorar APR = 138+8 (APR-Treppchenwette 2.Pl.) = 146+4 (APR-Früh-Joker-Bonus 1.Pl.) = 150+15 (Phalprämierung 2. + 5. Pl) = 165


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  • Aber ich glaube zu verstehen, was du meinst, Ralf.
    Das ist ja im grunde auch meine Sorge, daß eine Erwartungshaltung entsteht, bei der die gesamte breite Basis nicht mehr mithalten kann und quasi über Bord geworfen wird. So nach dem Motto: Kartierungsdaten nur noch mit dokumentierter Sequenz zu jedem Fund. Wenn aber diese Basis an Feldmykologen wegbricht, kannst du den Rest auch vergessen. Es wäre niemand mehr da, der im Feld die Pilze "sortiert", dokumentiert und die Daten zusammenträgt.


    ...........................


    Das ist genau der Punkt, wo ich deine Sekpsis voll teile, Ralf: Denn wer entscheidet letztlich, welche Daten aufzunehmen sind und welche nutzlos?
    Das ist momentan für mich nicht greifbar, da sehe ich keine lenkende Struktur, die eine vernünftige Richtung vorgibt.


    Genau das ist der springende Punkt.


    Da läuft doch offensichtlich etwas gewaltig schief?


    Aber was, an welchem Punkt?


    Ich glaube übrigens nicht, dass der Drang, neue Arten zu benennen, durch die Gensequenzierung entstanden ist. Das könnte eher im Geltungsbedürfnis der menschlichen Spezies begründet sein (von dem niemand 100% frei sein dürfte).


    Du hast Deine Frage im Prinzip selbst beantwortet. Die Sequenzierung wird ein Werkzeug zur Steigerung des Geltungsbedürfnisses sein. Unausweichlich. Nicht von jenen ernsthaften Mykologen die hier schon oft genug als positives Beispiel genannt wurden. aber es gibt weltweit eine Unzahl an Theoretikern, die wohlmöglich noch nie einen Pilz in freier Natur gesammelt haben. Und die werden das waidlich ausnutzen.



    Suspekt sind mir aber die Aufdröseler, die für jede Abweichung innerhalb der Gattung sofort eine neue brauchen. Ob das immer so sein muss?


    Genau die. Und welche Mittel gibt es, dieses Unheil zu vermeiden?

  • Hallo Ralf!

    Zitat


    Genau die. Und welche Mittel gibt es, dieses Unheil zu vermeiden?


    Nicht mitmachen, wenn man nicht dran glaubt!
    Schau, es gibt immer noch viele Pilzler, die einfach Collybia zu allen Rüblingen sagen.
    Manche setzt sich durch, manches nicht.
    Freilich wöllte auch ich nicht haben, dass man alle größeren Haarbecherchen noch als Dasyscyphus bezeichnet wie in PdS-Zeiten, weil ich finde, dass es da schon recht große Unterschiede gibt, aber verbieten kann ich es auch keinem.


    Zitat


    .....aber es gibt weltweit eine Unzahl an Theoretikern, die wohlmöglich noch nie einen Pilz in freier Natur gesammelt haben. Und die werden das waidlich ausnutzen.


    Klar, gibt ´s ja schon reichlich.
    Deren Vorgehen bringt aber nichts, und das wird "man" auch irgendwann merken.
    Das gemeine daran ist (und das gab es auch schon lange vor uns: vergleiche Boudier um die Jahrhundertwende und Schnell- und Vielbestimmer Velenovsky), dass andere wirkliche Wissenschaftler dann die Arbeit haben mit dem fabrizierten Bestimmungsmüll, den man dann leider nicht einfach entsorgen kann und sogar beachten muss.


    VG Ingo W


    @ Craterelle:

    Zitat

    P.S.: Ingo, dein Beispiel würde ich gern in einen anderen Thread entführen, um es noch etwas hin- und herzuwenden.


    Tja!................ Da sind leider Rechte drauf angemeldet, und der Rechteinhaber schläft bis Mitte November.
    Was kann man da tun?
    Na, dann setz wenigstens einen Link dorthin, wo du es hinentführst.

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  • Hallo Ralf!


    Zitat


    Genau die. Und welche Mittel gibt es, dieses Unheil zu vermeiden?


    Nicht mitmachen, wenn man nicht dran glaubt!


    Man kann aber nicht "nicht mitmachen" wenn man an der Kartierung arbeitet. Dann muss man zwingend die momentan gültige Taxa resp. Systematik verwenden. Ich krieg ja heute schon einen Föhn, wenn ich die ganzen Umbenennungen in meinen Listen nachhalten will.

  • Hallo Ralf!


    Das stimmt natürlich.
    Normalerweise sollte das in nächster Zeit so unüberschaubar werden, dass da der jeweilige Landes-Koordinator nichts anderes mehr machen braucht als sich mit der Nomenklatur zu befassen.
    Was man eigentlich nicht durchhält ohne verrückt zu werden.


    Ja, und wenn man dann noch den Wert der Kartierung aus heutiger Sicht dazunimmt ("Bist du dir sicher, dass das 2004 auch der Fuchsige Scheidenstreifling war? Da gibts jetzt noch völlig identisch aussehende Hellfuchsige und Dunkelfuchsige).


    VG Ingo W

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    • Offizieller Beitrag

    Hi,


    so problematisch sehe ich die wechselnden Namen nicht. Wofür gibts denn Mykis, bzw. Pilze Deutschlands? Dort werden die Namen ggf. von guten Leuten angepasst/gepflegt, wenn es denn richtig erscheint. Das mag zwar etwas blauäugig erscheinen, aber wenn im Mykis eine umstrittene Art nicht gelistet ist, brauche ich die auch nicht zu kartieren. Ich sehe das an dieser Stelle pragmatisch. Ralf du kannst deine Listen gerne so unverändert weiterführen, denn so lange man dem vergebenen Namen auch genau eine konkrete Art zuordnen kann, ist das alles unproblematisch. Was anderes wäre es, wenn eine aRt plötzlich in mehrere aufgespaltet wird, wie es bei den Safranschirmlingen oder bei den Filzröhrlingen passiert ist.


    Die Angst mit den Kartierungsfunden mit ensprechender Sequenz finde ich schon etwas übertrieben. Bei den vielen Funden, die gemacht werden, reicht doch nie und nimmer die Analysekapazität der Labors aus (auch im Hinblick auf weitere zu sequenzierende Lebewesen, Viren und Bakterien).


    Spätestens bei dem 300 Nachweis einer Standardart (Marone, Steinpilz, Stinkmorchel, Diatrypella favacea;)) sehen es hoffentlich die Verantwortlichen ein, dass das nur ein nutzloses Datensammeln wäre. Wenn sich die Sequenzen nur in 1-2 Basen von jedem Fund unterscheidet, was hätte man denn davon das auch noch zu speichern. Die gleiche Sequenz immer und immer wieder zu speichern ist sinnlos. Wo wir schon wieder beim Datenmüll wären. ;)


    Das Problem mit den schlecht dokumentierten Sequenzen bzw. Sequenzen fehlerhaft bestimmter Funde ist allerdings ein großes. Ich habe da die Erfahrung schon an 2-3 Stellen machen dürfen. Was bei wiss. Publikationen super funktioniert; da werden die Daten/Publikationen nochmal gegengelesen, ist bei den Gendatenbanken nicht der Fall. Leider erkennt man bei der Rechereche in den Gendatenbanken die Güte der Datensätze nicht an. Die einzige Chance, die man da hat, sind die Namen der Arbeitsgruppe. Marco hat bei der Recherche immer wieder Sätze gesagt wie: "Ach die Sequenz stammt von XY und YX, da muss man aufpassen. Die haben öfters mal ne Fehlbestimmung". Demzufolge wird es auch bei den Datensätzen Qualitäten geben, je nachdem, wer die Datensätze produziert hat. Wenn man das so betrachtet, "regelt" der Markt das von ganz alleine. ;)


    l.g.
    Stefan

  • Ich würde da erst mal fleißig sammeln


    Ist da eigentlich kein Bäumchen mit abgedruckt?



    fleißig sammeln, super Tipp :thumbup: :thumbup: :thumbup:


    Habe ich tatsächlich gemacht, 2015 und 2016. Einem Erstfund nachgenasert.


    Bäumchen abgedruckt kommt so daher,



    LG
    Peter

    "Die, die Kriege von oben führen sind feige Schreibtischtäter, die nicht wissen wie schrecklich Krieg ist".

    Quelle: "Masters Of War", Bob Dylan

    Einmal editiert, zuletzt von Habicht (†) ()

  • Hallo Peter!


    Zitat


    Bäumchen abgedruckt sieht so aus, .....


    So geht ´s natürlich auch.
    Hätte von mir sein können.
    ==Gnolm8


    VG Ingo W

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    145-15 (Teilnahme APR 2023) = 130+3 (10. Platz) = 133+3 (Unbewusst-Phal) = 136+5 (Lupus-Wette-APR-Sieger=ü300) = 141+5 (GnE-Gewinnsteuer-APR23) = 146+7 (Phalplatz 1) = 153-20 (Teilnahme APR 2024) = 133+5 Honorar APR = 138+8 (APR-Treppchenwette 2.Pl.) = 146+4 (APR-Früh-Joker-Bonus 1.Pl.) = 150+15 (Phalprämierung 2. + 5. Pl) = 165


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    Einmal editiert, zuletzt von Ingo W ()

  • Zitat


    Bäumchen abgedruckt sieht so aus, .....



    den Originaltext hast a bissale massiert, Bäumchen abgedruckt kommt so daher,


    ;)


    LG
    Peter

    "Die, die Kriege von oben führen sind feige Schreibtischtäter, die nicht wissen wie schrecklich Krieg ist".

    Quelle: "Masters Of War", Bob Dylan

  • boah watt hab ich euch alle lieb :Kuschel:


    :haue: :thumbup:


    knapp anderthalb Stunden habe ich jetzt in dieser Diskussion gelesen. Anderthalb Stunden meiner Lebenszeit mehr, die ich auf dem "Sinnvoll"-Konto verbuchen darf.


    Eine sinnvolle oder gar fundierte Beteiligung kann ich allerdings nicht liefern, das hole ich nach wenn ich die Thematik verstanden habe, also irgendwann Anno 2897 oder so ......


    Ich Danke euch :thumbup:


  • Hi,


    so problematisch sehe ich die wechselnden Namen nicht. Wofür gibts denn Mykis, bzw. Pilze Deutschlands? Dort werden die Namen ggf. von guten Leuten angepasst/gepflegt, wenn es denn richtig erscheint. Das mag zwar etwas blauäugig erscheinen, aber wenn im Mykis eine umstrittene Art nicht gelistet ist, brauche ich die auch nicht zu kartieren. Ich sehe das an dieser Stelle pragmatisch. Ralf du kannst deine Listen gerne so unverändert weiterführen, denn so lange man dem vergebenen Namen auch genau eine konkrete Art zuordnen kann, ist das alles unproblematisch. Was anderes wäre es, wenn eine aRt plötzlich in mehrere aufgespaltet wird, wie es bei den Safranschirmlingen oder bei den Filzröhrlingen passiert ist.


    Die Angst mit den Kartierungsfunden mit ensprechender Sequenz finde ich schon etwas übertrieben. Bei den vielen Funden, die gemacht werden, reicht doch nie und nimmer die Analysekapazität der Labors aus (auch im Hinblick auf weitere zu sequenzierende Lebewesen, Viren und Bakterien).


    Stefan, ich bin nicht sicher, wie tief Du in die Kartierung eingebunden bist. In Deutschland ist für die Kartierung IF die maßgebende Datenbank. Und da ist eine Person, die diese Datenbank aktuell hält. Eine !
    Und frag mal Klaus Siepe, der die NRW-Listen verwaltet, wie einfach es ist nomenklatorisch aktuell zu bleiben. Heute schon, wo die Sequenzierung noch moderat angewendet wird.


    Und Nein, ich kann meine Listen nicht unverändert weiterführen, es sei denn ich will bei jeder Art die Synonyme durchackern, denn irgendwie muss ich den eben aktuellen Namen finden.


    Was die "Angst mit den Kartierungsfunden" angeht, geht es nicht um die Funde die per Sequenzierung bestimmt wurden, sondern darum, dass Funde vieler Arten ausschließlich per Sequenzierung bestimmbar sein werden. Und genau weil die Kapazitäten der Labore begrenzt sind, wird es nicht möglich sein, alle Feldfunde bestimmen zu lassen.
    Was es jedoch geben wird, sind Dienstleister. Labore, denen man seine Proben schicken kann und die gegen Gebühr die Sequenzierung vornehmen. Bei den Mineralien kostete das damals 25 DM pro Probe. Was es heute kostet weiß ich nicht. Wer schickt denn mal eben 5 oder 6 Proben zur Sequenzierung?

    Passend zum Thema berichtet der neue Tintling, dass es einem internationalen Team aus 53 Wissenschaftlern von 44 Institutionen aus 13 Ländern gelungen ist, eine Flechtengattung die bisher nur aus einer Art bestand in 189 Sippen aufzugliedern. 70 davon sind inzwischen als neue Art beschrieben worden.


    Jetza ?

    • Offizieller Beitrag

    Hallo Ralf,


    ich bin ein Pilzkartierer in Sachsen. Administrativ habe ich aber damit nix zu schaffen. Da ich für die Sächsische Pilzkarteriung ein Access-basiertes Kartierungsprogramm (Mykis) verwende, muss ich eher wissen, wie die jeweilige Art in dem Programm heißt. ;) Bei einigen Pilzen sind da immer noch die alten Namen hinterlegt. Natürlich muss ich ggf. dann auch im Programm recherchieren, wenn eine Art dort umbenannt wurde. Der IF ist da in manchen Fällen wenig hilfreich.


    l.g.
    Stefan

  • Zitat

    Passend zum Thema berichtet der neue Tintling, dass es einem internationalen Team aus 53 Wissenschaftlern von 44 Institutionen aus 13 Ländern gelungen ist, eine Flechtengattung die bisher nur aus einer Art bestand in 189 Sippen aufzugliedern. 70 davon sind inzwischen als neue Art beschrieben worden.


    Jetza ?


    Ich sags mal für die andern zum Nachgucken "TINTLING 105, S.89".


    Hallo Ralf!


    So richtig verstehe ich nicht, wohin du mit dem Beispiel willst, weil bei dir hört es sich so an, als hat man die 1 Art Cora, die es bisher gab, aufgedröselt bis zum "Geht-Nicht-mehr".


    Schaut man sich die Beispielbilder an, erkennt man schnell, dass es sich auch per Auge um verschieden aussehende Cora-Arten handelt.
    Im Text ist dann zu lesen, dass die Arten zumeist in Tropen-Gebirgen leben und deshalb eher vernachlässigt erforscht sind.


    Und jetzt zitiere ich mal noch dazu, was auch im Text steht:
    "......Die genetische Analyse hilft dabei, die Merkmale festzulegen, anhand derer die vielen Arten letztlich auch ohne DNA erkannt werden können.
    Für Merkmale wie Farbe und Konsistenz ist die direkte Beobachtung vor Ort am Wuchsort notwendig,
    da sie beim Trocknen von Herbarbelegen
    verlorengehen.
    So wird auch verständlich, weshalb die Vielfalt dieser Gattung auf der alleinigen Grundlage von Herbarmaterial bisher nicht erkannt wurde........"


    Dass die Gattung bisher so stiefmütterlich behandelt worden ist und deshalb nur eine Art bekannt war, liegt eher am Lebensraum der Flechten und nicht am "heilen Leben vor der Zeit mit der Sequenzierung".


    VG Ingo W


    Edit:

    Zitat

    Was es heute kostet weiß ich nicht. Wer schickt denn mal eben 5 oder 6 Proben zur Sequenzierung?


    Weil mir Florian vorraussichtlich ab Mitte des Jahres nicht mehr helfen kann, trage ich mich z.B. mit solchen Gedanken.
    Bei der Gelegenheit kann ich ja gleich mal hier nachfragen, ob mir wer was gutes empfehlen kann.
    Entscheidend wäre eine ausgesprochen gute Qualität ohne Lücken im üblichen Sequenzausschnitt, und natürlich wäre mir die Bezahlbarkeit ebenfalls wichtig.


    Edit2: ==Gnolm15
    Ich stelle mir gerade vor, dass es eine ähnlichen Diskussion sicherlich schon mal gegeben haben wird, als das Mikroskop immer populärer bei der Bestimmung von Pilzen geworden ist.
    Man sollte mal in den damaligen Forenbeiträgen nachschauen, wie Persoon, Linné und Fries womöglich mit "wem auch immer" darüber diskutiert haben. ==Gnolm12

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  • Der IF ist da in manchen Fällen wenig hilfreich.


    Auf welcher Datenbank basiert Mykis denn ?



    Nun, wir reden hier nicht von Werkzeugen, die sich über kurz oder lang sehr viele leisten können, sondern über eine Technik, die nur wenigen Spezialisten verfügbar ist. Das ist schon ein Unterschied.


    Da ich nun so gutwie alles aus meiner Sicht geschrieben habe, schließe ich mit der nochmaligen Erinnerung an die Parallelen zur Mineralogie. Nach anfänglicher Euphorie wurde die Sache recht schnell zum Desaster. Ähnlich wie bei den Pilzen gibt es die "großen", die recht gut makroskopisch zu bestimmen sind und bei denen die XRD nicht viel Schaden angerichtet hat. Fatal war die Sache bei den "Kleinen", vergleichbar mit Pyrenos oder Haarbecherchen etc.
    Dort hat die XRD damals fast zum erliegen der sog. Micromounter-Szene geführt. Über Jahrzehnte gesammelte, sauber dokumentierte Beleg wurden innerhalb weniger Jahre quasi wertlos.


    Wie auch immer, selbst wenn wir hier noch Tage diskutieren, werden wir weder die Entwicklung aufhalten, noch werden rechtzeitig international gültige Regularien aufgestellt. Von wem auch ?

    • Offizieller Beitrag

    Moin!


    Suspekt sind mir aber die Aufdröseler, die für jede Abweichung innerhalb der Gattung sofort eine neue brauchen. Ob das immer so sein muss?


    Genau die. Und welche Mittel gibt es, dieses Unheil zu vermeiden?


    Wie auch immer, selbst wenn wir hier noch Tage diskutieren, werden wir weder die Entwicklung aufhalten, noch werden rechtzeitig international gültige Regularien aufgestellt. Von wem auch ?


    Ich glaube, letzten Endes gibt es nur eine Möglichkeit:
    Mitmachen, informiert bleiben, sich in Methodik und Stammbäume vertiefen (neben den morphologischen Eigenschaften natürlich). Heißt im Klartext: Mitreden und mitgestalten, auch was die Deutungshoheit bei Ergebnissen genetischer Methoden betrifft.


    Was die Taxonomien betrifft: Das ist ja kein neues Problem, das durch die Genetik entstanden ist. laufende Taxonomische Verschiebungen und Änderungen der Synonymlisten gab es doch immer schon. Es ist letztlich auch völlig wurschd, ob man bei einer Kartierung "Xerocomus communis" oder "Hortiboletus engelii" einträgt. Ein vernünftiges Kartierungsprogramm sollte da die Synonymie herstellen können. Und da halt auch IF und MB etliche Fehler enthalten, kann man von dort zwar Listen übernehmen, sollte aber immer noch Spezialisten haben, die diese fehler in den Listen der Kartierungen eventuell bereinigen können. Was bei MYKIS und damit auch PilzeDeutschland übrigens durchaus passiert, muss man nur den Verantwortlichen bescheid sagen, wenn man einen fehler findet. Das ist aber ja kein Problem der Genetik an sich. Wobei ich schon die Sorge verstehe, daß dadurch mittelfristig noch viel mehr Chaos in den taxonomischen Datenbanken entsteht. Um dem zu begegnen: Siehe oben. Mitmachen, informieren, mitreden. Spezialisieren und dann Fehler korrigieren.


    So dramatisch ist das mit den Gattungsaufspaltungen übrigens nicht.
    Collybia wurde schon ohne genetischen Hintergrund aufgedröselt, und ganz im Ernst: Das macht auch Sinn. Es macht - wenn man sich mal darauf einlässt - übrigens auch bei Boletus Sinn. Zumindest teilweise. Die dicken, stark blauenden Rotporer sind halt was anderes als die dicken, schwach blauenden Gelbporer. Ob man dann aber unbedingt noch Suillellus und Imperator trennen muss, oder Butyriboletus und Caloboletus, ist noch eine andere Frage. Spielt aber für den Kartierer und normalen Pilzfreund keine Rolle, denn die Arten bleiben ja eh die selben. und wenn das Kartierungsprogramm nicht die Synonymie zwischen Boletus erythropus und Neoboletus luridiformis herstellen kann, ist das Kartierungsprogramm ein Fall für die Tonne.


    Aber ja, hier im Forum werden wir das Problem nicht lösen können. Aber wenn so eine Diskussion für einige Leute als Denkanstoß taugt, dann ist ja immerhin schon mal was gewonnen. :)



    LG, Pablo.

  • Hallo Pablo!


    Das Collybia-Beispiel ist mir als "relativ aktuell" eingefallen, sollte nur ausdrücken, dass man nicht mitmachen muss, wenn man nicht will.
    Ich selbst werde über den Wert nicht urteilen, da fehlt mir der Überblick, habe mich eigentlich auch schon an die neuen Namen gewöhnt, auch wenn ich immer sicherheitshalber nochmal nachschauen muss.


    Bei den Boleten, Suillen, Inonoten und sonstwas für Gattungen, die gerade zerhämmert werden, wird das sicherlich noch länger dauern, wahrscheinlich werde ich das aber einfach erstmal ignorieren.


    Ich denke auch nicht, dass es Ralf um die Umsortierung ging, sondern er spricht ja davon, dass die mühevoll gemachten, makroskopisch ausgewerteten Mineraliensammlungen plötzlich nichts mehr wert waren, weil sie nach neuerer Auswertmethode angeblich nicht mehr genau genug waren.


    Sowas kann allerdings passieren, das ist mein (ausgedachtes) Beispiel mit dem Fuchsigen Scheidenstreifling, wo man plötzlich feststellt, dass es 2 genetisch "völlig verschiedene" makroskopische Zwillinge geben soll, zu deutsch den Dunkelfuchsigen und Hellfuchsigen.


    Aber auch sowas gab es schon vorher: wie lange ist denn zu fast allen irgendwie braunen oder grauen Scheidenstreifling einfach A. vaginata (Grauer Scheidenstreifling) gesagt worden?
    Und natürlich sind aus dieser Zeit solche Meldungen schon irgendwie auch mit Vorsicht zu genießen.


    Hallo Ralf!


    Zitat


    Nein, ich wollte damit lediglich das "Potenzial" zeigen, welches die Sequenzierung in sich birgt.


    Gutes Potential!
    70 bisher nicht erkannte Cora-Arten mit makroskopisch verschiedenem Aussehen haben jetzt einen Namen und sogar eine Sequenz!


    Zitat


    Nun, wir reden hier nicht von Werkzeugen, die sich über kurz oder lang sehr viele leisten können, sondern über eine Technik, die nur wenigen Spezialisten verfügbar ist. Das ist schon ein Unterschied.


    Naja, ehrlich gesagt, hätte ich dafür nicht auch noch Zeit. Mir reicht eigentlich das Mikroskopieren und Dokumentieren, da ist die Sequenzherstellung durch andere schon eine willkommene Hilfe. Auch die Aufbereitung und Auswertung überlasse ich gerne denen, die sich gut damit auskennen. Teamwork eben.
    Hat bisher prima geklappt!
    Bloß bisher habe ich eben auch nichts löhnen müssen. Das wird im ungünstigen Fall der Unterschied in der Zukunft sein.
    VG Ingo W

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    • Offizieller Beitrag

    Hallo, Ingo!


    Stimmt. Aber das sind ja meiner Ansicht nach Probleme, die nicht (oder oft noch nicht) unmittelbar auf die Anwendung von Sequenzdaten zurückzuführen sind.
    Es wird uns nichts anderes übrig bleiben, als uns damit auseinander zu setzen.


    Sicher ist es für Kartierungen ein Greul, wenn man versuchen muss, Datensätze irgendwie zu trennen, weil sich die Artdefinitionen geändert haben.
    Oft wird das gar nicht möglich sein. In Extremfällen wie "den drei Fuchsigen Streiflingen" ist es besonders nervig, wenn man noch nicht mal die morphologischen Anhaltspunkte zur Trennung kennt. Aber da steht man wieder vor der Frage, ob diese drei Sequenzen auch tatsächlich zu drei Arten gehören, oder ob nicht einfach eine Art drei Sequenzen hat. Denn das kommt durchaus vor. In FNE4 zB ist Tricholoma sulphureum auch eine Art mit mehreren Sequenzen, Christensen und Heilmann-Clausen gehen aber eben von einer Art aus, die halt in sich in der ITS - Sequenz variiert.


    Was die Kartierungen betrifft: Persönlich sehe ich "Turbo - Kartierungen" ebenso kritisch wie "Turbo - Sequenzierungen".
    Es werden dann nur Massen von Namen für ein gebiet gesammelt, aber so gut wie keine Dokumentationen zu einzelnen Funden angelegt. Genial wäre natürlich, wenn es zu jedem kartierten Fund auch wenigstens eine Kurzdoku (Makrofoto, am besten dazu noch eine wenigstens Stichwortartige Mikrodoku, idealerweise noch ein "bestimmt nach...") geben würde. Schon alleine damit ließen sich viele Funde viel leichter revidieren, wenn es zu neuen Erkenntnissen kommt.
    Nur ist halt das auch viel Arbeit.



    LG, Pablo.

  • Hallo Pablo!

    Zitat

    In Extremfällen wie "den drei Fuchsigen Streiflingen" ist es besonders nervig, wenn man noch nicht mal die morphologischen Anhaltspunkte zur Trennung kennt.


    Ist ein ausgedachtes Beispiel. Bin ich drauf gekommen, weil mal irgendjemand im Forum sagte, man könne Amanitopsis crocea nicht mehr ruhigen Gewissens beim Namen nennen, weil in Westeuropa usw. etc.....blabla....


    Ich selbst glaube ja noch nicht an die absoluten Zwillinge, die verschiedene Arten sind.


    Sowas ähnliches haben wir bei einer der häufigsten Mollisien (die, welche ich M. olivaceocinerea betitele, was wahrscheinlich auch nicht richtig ist).
    Die ist so eine Art nicht festgelegter Riesenstreuer, welche sich im Abstammbäumchen in alle Richtungen ausbreitet.
    Also das ist sowas, bei der man nicht weiß, wo die Art anfängt und wo sie aufhört (im persönlichen Interview meinte das freche Biest gar: "Wer sagt denn, dass ich das muss??")
    Die ist gewissermaßen das Fliegenpilzbeispiel, und in der Tat haben die beiden Ränder sogar verschiedene Namen (also der Russe und der Brite).


    Zitat

    Was die Kartierungen betrifft: Persönlich sehe ich "Turbo - Kartierungen" ebenso kritisch.....


    Schwierig!
    Alles geht halt nicht.


    VG Ingo W

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    145-15 (Teilnahme APR 2023) = 130+3 (10. Platz) = 133+3 (Unbewusst-Phal) = 136+5 (Lupus-Wette-APR-Sieger=ü300) = 141+5 (GnE-Gewinnsteuer-APR23) = 146+7 (Phalplatz 1) = 153-20 (Teilnahme APR 2024) = 133+5 Honorar APR = 138+8 (APR-Treppchenwette 2.Pl.) = 146+4 (APR-Früh-Joker-Bonus 1.Pl.) = 150+15 (Phalprämierung 2. + 5. Pl) = 165


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    • Offizieller Beitrag

    Hallo, Ingo!


    Beispiele sollen ja nur helfen, um generelle Probleme zu verdeutlichen. Ob nun bei einem Scheidenstreifling oder einem Weichbecherchen. Wenn man zu unterschiedlichen Sequenzen von offensichtlich nahestehenden Arten keine konstanten morphologischen Trennmerkmale findet, muss man eben weiter gucken, bevor man irgendwas auseinanderreißt, was vielleicht eigentlich zusammen gehört. Oder sich in einem Entwicklungsstadium befindet, wo eine evolutionäre Trennung beginnt, aber eben noch nicht vollzogen ist.
    Hieße also in der Konsequenz: Mehr Sequenzen zu mehr ausfühlrich dokumentierten Kollektionen sammeln. Dabei auch mal andere Teile des Genoms anschauen und nicht nur den doch eher kleinen ITS - Abschnitt.
    Scheidenstreiflinge sind übrigens durchaus doof. Im letzten Sommer habe ich mal versucht, die Trennung von Amanita crocea und Amanita subnudipes nachzuvollziehen.
    Makro- wie mikroskopisch mit Hilfe von Tuloss, FungaNordica, Gröger und Kibby. Hat nicht funktioniert, makro- wie mikroskopisch geht das wunderbar ineinander über bzw. wiederspricht sich. Muss ich also auf weitere Kollektionen warten, um da zu einer Entscheidung zu kommen.



    LG, Pablo.

  • Hallo Pablo!


    Zitat


    Im letzten Sommer habe ich mal versucht, die Trennung von Amanita crocea und Amanita subnudipes nachzuvollziehen.


    Das wäre wieder so ein Beispiel, wo ich mir auch gern den Baum dazu angucken würde, wo alle bisherigen Scheidenstreiflinge drin untergebracht sind.


    Zitat


    Hat nicht funktioniert, makro- wie mikroskopisch geht das wunderbar ineinander über bzw. wiederspricht sich.


    Geheime Zeichen!
    Weißt du, wie nahe die sich im Verwandtschaftsbaum stehen?


    Nicht, dass da bloß wieder jmd. überreagiert hat, bloß, weil keine 100%-ige Übereinstimmung in der Sequenz war oder was noch schöner ist, weil die Übereinstimmung von den Prozenten nicht gepasst hat, weil die Sequenz schlecht war.
    Ich bin sicherlich der letzte, der da in der Materie drinsteckt und den Wissenden raushängen lassen kann, aber man sieht so dies und jenes......und wundert sich......


    VG Ingo W


    Edit:
    Habe mir gerade mal einen Schlüssel zu crocea/subnudipes angeschaut und mir erschließen sich darin die Unterschiede nicht (bis auf Stielzeichnung)
    Kann sein, dass ich da wieder zu voreilig bin, aber ich würde das erst mal sehr skeptisch sehen:
    Hier unter 3:
    http://www.amanitaceae.org/content/uploaded/pdf/crocekey.pdf

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    • Offizieller Beitrag

    Hallo, Ingo!


    Interessant ist es aber dann schon, wenn man Kollektionen findet, die "irgendwie anders" aussehen.
    So wie du es eben von Mollisia olivaceocinerea beschreibst...
    Weil das hier:

    ...sieht halt erstmal nicht wirklich aus wie die Amanita crocea, die ich kenne (schmeckt aber ebenso ausgezeichnet).
    PS.: Hutfarben sind ein wenig blässlich, liegt an der Aufnahme und an der Trockenheit. Ist aber im crocea - Bereich und nicht im fulva - Bereich, auch keine der grau- oder braunhütigen Arten.


    Zwei Eichen und eine Hainbuche weiter sehen die nächsten beiden Kollektionen dann allerdings so aus:

    Und die rechts neben dem Messer haben halt schon wieder passend genatterte crocea - Stiele. Passen mikroskopisch (HDS, Sporenform nach oben genannter Literatur, v.A. Tuloss) aber besser zu Amanita subnudipes als die beiden anderen Kollektionen mit den glatten Stielen.


    Aber ausgehend von solchen Funden kann ich schon verstehen, daß Leute solche Themen untersuchen und dabei eben auch auf die Sequenzen gucken. Und sei es nur, um vielleicht in den morphologischen Merkmalen ein Muster herauszuarbeiten.



    LG; Pablo.

  • Hi Pablo!


    Zitat


    Aber ausgehend von solchen Funden kann ich schon verstehen, daß Leute solche Themen untersuchen und dabei eben auch auf die Sequenzen gucken. Und sei es nur, um vielleicht in den morphologischen Merkmalen ein Muster herauszuarbeiten.


    Genau das!!


    Bei deinem ersten Bild würde ich auch nicht an A. crocea denken (edit: flavescens hätte ich mir wohl so ähnlich vorgestellt).
    Zumindest wäre das für mich kein Orange, und orange sollen ja crocea und subnudipes sein, zumindest behauptet das mein Amanita-Seiten-Link von oben.


    VG Ingo W

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  • :D Die Feinmotoriker gehen schon wieder ins Detail...... :thumbup:


    Wie schön. :)


    Ich habe gestern an anderer Stelle eine Diskussion verfolgt, die grundsätzlich auf Basis der neu erschienenen Roten Liste des Bundesamts für Naturschutz (für den Bund, keine Landesliste) entand und dann kommentiert wurde.


    Die daraufhin erfolgte Diskussion war deutlich, allerdings aus meiner momentanen Sicht sehr positiv. Sämtliche Beiträge und Kommentare der letztendlich maßgeblichen Mitgestalter (also diejenigen der DGfM, die das Bundesamt für Naturschutz "fragt"), haben sich einstimmig und ausdrücklich dahingehend geäußert, dass diese wahnsinnige Aufgabe und Arbeit, die zur Erstellung des jetzt aktuell erschienenen Werkes erforderlich war, nicht ohne die Feldmykologen, Hobbymykologen und alle die praktisch seriös daran mitarbeiten, möglich gewesen wäre. Es wurde faktisch ein ausdrückliches Dankeschön an die Feldmykologen von Verantwortlichen der DGfM ausgesprochen.


    Der Konsens war auch, dass die Erstellung eines solchen Werkes dann in Folge und logischerweise Jahre in Anspruch nimmt.


    Sehr positiv aus meiner Sicht, also frohen Mutes weiter dran bleiben gemeinsam an der Feldkartierung und fröhlichen Zusammenarbeit.


    LG, Markus

    • Offizieller Beitrag

    Moin!


    ...und auch ohne die Kartierer für Pflanzen und Tiere, die ja ebenfalls wohl in der Mehrzahl als "Hobbyökologen" die Daten zusammengetragen haben.
    Also da funktioniert es ja auch, doch ich bin sicher, daß da auf einigen Fachgebieten die Feldforscher und Kartierer auch zu kämpfen haben. ;)


    Amanita flavescens hatte ich wegen irgendwelchen Details in den ganzen Schlüsseln ausgeschlossen, Ingo.
    Hatte glaube ich was mit Acrophysaliden und so zu tun, müsste ich aber jetzt nachgucken, was ich da dokumentiert habe und warum ich welche Schlüsse zog. Aber das sind eben einfach Pilze, die ich für mich selbst noch nicht bestimmt habe, einfach weil mir einige Artabgrenzungen nicht klar sind (und auch die verschiedenen Schlüssel pp wiedersprüchlich). Ist nur ein Beispiel, daß sich nicht immer alles klar zuordnen lässt. Zumindest für mich nicht. Amanita (insbesondere Vaginatae) ist jetzt auch wirklich kein Bereich, mit dem ich mich besonders akribisch beschäftige.


    Mit der / den Speisemorchel/n wollte ich jetzt lieber nicht anfangen.
    Ist aber eigentlich ein schönes Beispiel, daß viele Sequenzen nicht unbedingt viel Klarheit schaffen. Wenn man den letzten Artikel, den ich dazu in der Hand hatte, ein wenig zwischen den Zeilen liest, kam ungefähr folgende Kernaussage raus: ITS - Sequenzen scheinen bei Morchella nicht wirklich zu funktionieren. Einen Artikel mit ähnlicher (leider nicht explizit formulierter) Aussage gibt's auch.



    LG, Pablo.

  • Hallo Pablo!

    Zitat


    ..... einfach weil mir einige Artabgrenzungen nicht klar sind (und auch die verschiedenen Schlüssel pp wiedersprüchlich).


    Richtig!!
    Und du selbst könntest noch nicht mal Klarheit schaffen wenn du gute Sequenzen produzieren könntest. Weil, du weißt eben gar nicht genau, was für eine Art gemeint ist mit subnudipes. Demzufolge könntest du nämlich nichts aus deinen Sequenzen schlussfolgern.


    Und trauen kann man ja auch nicht jedem mit den hinterlegten Sequenzen (Thema hatten wir schon), also gibt es eigentlich nur den Weg, sich selbst ein kleines Pilzfachgebiet herauszusuchen und dort sein bestes zu leisten, indem man jede für sich als xy bestimmte Art dokumentiert und mit Sequenz ablegt. Im glücklichsten Fall gibt es tatsächlich eine übereinstimmende Sequenz von jmdn., der nach deiner Auffassung bestimmt hat.


    Zitat


    ....folgende Kernaussage raus: ITS - Sequenzen scheinen bei Morchella nicht wirklich zu funktionieren.


    Auch "Genau"!!
    Es gibt Gattungen, da muss man andere Sequenzabschnitte beachten, die viel besser differieren.
    Ich hatte das Beispiel Pezicula in Erinnerung: da sind eindeutig verschiedene Arten in der momentan geläufig-untersuchten ITS-Region identisch.


    Muss sich putzig für den Fachmann anhören, wenn ich immer so laienhaft versuche, das widerzugeben, wie ich es bisher verstanden habe.
    Du verstehst mich aber sicherlich.
    Vermutlich bist du sowieso der einzige, der hier noch mitliest.


    VG Ingo W

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