Vermutlich bist du sowieso der einzige, der hier noch mitliest.
Neneneneeee. Ich lese mit in der Hoffnung dass meine Bedenken zerstreut oder wenigstens gemildert werden.
Das ist noch nicht der Fall.
Der Fluch der Sequenzierung
- Rada
- Erledigt
Es gibt 70 Antworten in diesem Thema, welches 15.592 mal aufgerufen wurde. Der letzte Beitrag () ist von Beorn.
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Vermutlich bist du sowieso der einzige, der hier noch mitliest.
Neneneneeee. Ich lese mit in der Hoffnung dass meine Bedenken zerstreut oder wenigstens gemildert werden.
Das ist noch nicht der Fall.Hi,
ich lese hier auch noch mit; allerdings kann ich nur gerade nix weiter konstruktiv beitragen.
l.g.
Stefan -
Hallo.
Gab's nicht neulich mal noch ein schönes Thema, wo auch einige technische Elemente der Sequenzierungen gut erklärt wurden?
Ich erinnere mich an Beiträge von Craterell, Stefan (Climbingfreak) zum Beispiel, aber weiß nicht mehr, wo das Thema war. So als Querverweis hätte ich gerne einen Link gesetzt...Deine Bedenken werden sich so leicht nicht zerstreuen lassen, Ralf. Denn wie schon bemerkt: Die sind ja durchaus berechtigt.
Nur wenn wenn eine Sache mal voll im Fluß ist, lässt sie sich auch schwer aufhalten. Darum die Gedanken, wie man den Strom vielleicht wenigstens ein bisschen lenken und auch nutzen könnte.LG, Pablo.
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Hallo Pablo,
Meinst du den hier?
http://www.pilzforum.eu/board/…quenzierung-wissenswertesIngo, du hast meine Frage schon beantwortet, bevor ich sie gestellt habe. Ich hatte mich bei dem Fliegenpilz-Bespiel gefragt, ob solche (regelmäßige) regionale Abweichungen tatsächlich schon beobachtet wurden oder nur theoretisch möglich wären. Wäre interessant, wenn die Art mal gezielt hinsichtlich der räumlichen Varianz untersucht würde.
LG, Craterelle
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Hallo Craterelle!
Das Fliegenpilz-Beispiel war sehr theoretisch und ausgedacht.
Die Arten mit viel Streuung in der Auswertung im Bäumchen sind real bzw. momentaner Stand bei vielen Versuchen. Das ist i.d. R. dann, wenn es um sogenannte claden geht. Einen Zusammenhang zum unterschiedlichen Fundort gibt es aber nicht. Also ich finde bei uns in Deutschland nicht nur die Fliegenpilze mit den 45 Punkten, sondern alle andern auch.
Dabei hat mich im Gegensatz allerdings erstaunt, dass die Streuung durchaus nicht alle Arten betrifft. Manche sind beeindruckend gut festgelegt.
VG Ingo W
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Hallo Ingo,
Äh, den Fliegenpilz meinte ich jetzt auch nicht, sondern die Mollisia aus diesem Beitrag
http://www.pilzforum.eu/board/…rung?pid=353759#pid353759
Ich hätte das wohl zitieren sollen, wenn nicht mal du, der es ja geschrieben hat, den Bogen dahin schlägst.
LG, Craterelle
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Hallo Craterelle!
Im obigen Beispiel ging's um die Streumollisia.
Das Fliegenpilzbeispiel sollte den Effekt erklären.VG Ingo W
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Ich lese übrigens ebenfalls mit
Nur beitragen kann ich halt nichts konstruktives, also halt ich die Klappe, lese, staune, grüble und lerne
lieben Gruß,
Melanie -
Hallo!
Für die gelben Dacrymyces wünschte ich mir es auch, dass sich jmd. Mal darum kümmert mit Sequenzanfertigung.
Literatur existiert aus älteren Tagen (Ende Fünfziger, Mitte Siebziger), aber erstens widerspricht sich viel unter den Autoren und zweitens finde ich ausgerechnet immer welche, die zu nichts passen.
Bei mir sind neben der dickwandsporigen D. stillatus die dünnwandsporigen cf. minor, cf. lacrymalis allgegenwärtig, aber irgendwie taucht dieses häufige Zeug nirgends/kaum auf in Berichten, sondern nur bei mir.
Geht also wahrscheinlich anderen genauso, dass sie zu keinem konkreten Ergebnis bei der Bestimmung kommen.Wäre ein Super-Aufgabenbereich für jmdn., der Kontakt zu Sequenzierer und Auswerter hat.
VG Ingo W
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Hallo.Gab's nicht neulich mal noch ein schönes Thema, wo auch einige technische Elemente der Sequenzierungen gut erklärt wurden?
Ich erinnere mich an Beiträge von Craterell, Stefan (Climbingfreak) zum Beispiel, aber weiß nicht mehr, wo das Thema war. So als Querverweis hätte ich gerne einen Link gesetzt...Deine Bedenken werden sich so leicht nicht zerstreuen lassen, Ralf. Denn wie schon bemerkt: Die sind ja durchaus berechtigt.
Nur wenn wenn eine Sache mal voll im Fluß ist, lässt sie sich auch schwer aufhalten. Darum die Gedanken, wie man den Strom vielleicht wenigstens ein bisschen lenken und auch nutzen könnte.LG, Pablo.
Hi,
das wäre dann folgender Thread.
l.g.
Stefan -
Moin!
Danke @ Craterelle & Stefan für den Link.
Genau das Thema hatte ich gesucht.Nicht nur die Dacrymycetales sind verworren, Ingo. Eigentlich so gut wie alle Heterobasidiomyceten, von einigen (vermeintlich?) gut definierten "Allerweltsarten" mal abgesehen. Aber begibt man sich etwas abseits dieser Pfade, wird's schnell ganz düster...
Diese ominöse "Dacrymyces lacrymalis agg." finde ich hier auch recht regelmäßig. Mit ziemlich munter variierenden Makro- und Mikromerkmalen bis in die Grenzbereiche von Dacrymyces minor und Dacrymyces capitata hinein. Selten ist die nicht, wird nur vermutlich entweder oft als D. stillatus fehlbestimmt oder schlichtweg ignoriert. Weil wer beschäftigt sich schon mit Dacrymycetales...LG, Pablo.
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Hallo zusammen,
So etwas wie eine Referenzliste von ITS-Sequenzen zusammen mit Makro- und Mikrodokumentation wäre schon hochgradig sinnvoll, wie mir scheint. Und wenn man international noch nicht so weit ist, dann eben zunächst national. Wäre die DGfM als Koordinator nicht geradezu prädestiniert?
LG, Craterelle
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Hallo, Craterelle!
Also eine "vollständige" Datenbank?
Es gibt ja Gendatenbanken, nur sind da die Dokumentationen des Frischmaterials meistens nicht dabei, fehlen entweder vollständig oder man muss bei Findern, Untersuchern usw nachforschen, was es an Dokumentationen gibt. Sofern es nicht Sequenzen von Typusmaterial sind, das ohnehin irgendwo beschrieben ist.Eine gute Idee, finde ich. Das müsste man wenn dann direkt bei der DGfM anfragen, ob jemand dort Interesse an sowas hat.
Machbar wäre das ansonsten vielleicht noch über eine Universität, aber es müsste eben eine Datenbank sein, die für alle einsehbar ist.LG, Pablo.
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Hallo Pablo,
Ich bin sogar im DGfM-Forum angemeldet, aber kein Mitglied und überhaupt eher ein mykologischer Niemand. Vielleicht traue ich mich trotzdem, es dort vorzuschlagen - mal sehen.
Wenn ich allerdings die Ausschnitte der Kurven betrachte, die Florian hier http://www.pilzforum.eu/board/…rtes?pid=354964#pid354964 als Beispiel eingestellt hat, wäre es vielleicht doch sinnvoll, zusätzlich zu der Basenabfolge auch die Rohdaten in irgendeiner Form zu speichern, damit alle Zugang dazu haben?
LG, Craterelle
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Hallo, Craterelle.
Im grunde wäre das auch ein Projekt, das man in Abstimmung mit den Instituten machen sollte, die selbst die Sequenzierungen durchführen. Wenn man das in Kooperation mit den Universitäten macht, die sich auch mykologisch betätigen, hat man eine stabile fachliche Basis. Kooperation ist das Zauberwort, das zu koordinieren und auf eine gemeinsame Plattform (Unis und DGfM) zu stellen, würde einen längeren Anlauf brauchen. Aber es könnte ein großer Gewinn sein.
LG, Pablo.
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Da ist - aus meiner Sicht - die DGfM gefordert, und da ist - meines Wissens nach - die DGfM auch durchaus aktiv.
Sicherlich muss letztlich das Ziel sein, zu einem international anerkannten System zu gelangen, um Erkenntnisse zu bündeln und auch zu beurteilen.
Hallo zusammen,So etwas wie eine Referenzliste von ITS-Sequenzen zusammen mit Makro- und Mikrodokumentation wäre schon hochgradig sinnvoll, wie mir scheint. Und wenn man international noch nicht so weit ist, dann eben zunächst national. Wäre die DGfM als Koordinator nicht geradezu prädestiniert?
LG, Craterelle
Hi Pablo, hi Craterelle,
die Grundprobleme wurden bereits genannt: sicher ist es ein toller Wunschtraum, dass von allen Proben, die sorgfältig mikroskopiert wurden, auch eine Sequenz angefertigt werden müsste - egal ob das nun den Mikroskopierer voranbringt oder den Sequenzierer oder beide, oder ob sich die Bestimmungs-Unsicherheit nur auf einer höheren Stufe wiederholt (oft sind gerade die Arten, die sich mikroskopisch sehr ähnlich sind, auch molekular schwer trennbar).
Die DGfM wirkt da, glaube ich, von außen wie ein Scheinriese: DIE mykologische Institution in Deutschland! Wenn man 'reinguckt, sind es 1400 Abonnenten (davon < 50% Leser) der Z. Mykol., und im Kern 8 Ehrenamtler, die sich ein Bein ausreißen, mit zwei Handvoll Helfern im Dunstkreis, und einem Budget < 100 TEUR/Jahr.
Ein paar Schleierlings-Forscher wollen z.B. von der DGfM eine finanzielle Förderung von 200-300 Sequenzen pro Jahr - das lässt sich im finanziellen Rahmen noch gut leisten. Um von 10.000 Pilzarten zumindest je 10 Sequenzen als Referenz anzufertigen, sollte man mal 2 Mio EUR rechnen - und dafür sind die Funde noch nicht gesammelt und klassisch bestimmt worden. Geschweige denn, dass so jeder Freizeitmykologe seine Bestimmung molekular absichern könnte.
Forscher haben an der Zusammenarbeit kein natives Eigeninteresse, weil mit dem Sequenzieren bekannter Arten kein wissenschaftlichen Ruhm und keine Drittmittel-Finanzierung zu erreichen sind. Die bestehenden Zusammenarbeiten auf privater Basis werden daher sorgfältig gepflegt und nicht an die große Glocke gehängt.
Jetzt im Böhmerwald-Funga-Projekt werden aber neben der europäischen Zusammenarbeit mit Tschechien auch die Sachmittel gefördert, so dass die Projektträger mal Geld für einige Tausend Sequenzen (zusammen mit klassischer Doku) haben. Mal gucken, was das bewirkt.
Also ja, die DGfM ist dran, im Rahmen ihrer bescheidenen Möglichkeiten.
Gruß,
Wolfgang -
Hallo Wolfgang,
ich bin nicht Pablo und auch nicht Craterelle,
aber wahrscheinlich einer von vielen interessierten zahlreichen Mitlesern.Danke für die offenen Worte, welche Machbares und Möglichkeiten der DGfM aufzeigen.
Schon frühere vorausgegangene Diskussionen hier hatten die traurige Erkenntnis erbracht, dass
seitens der Öffentlichkeit und damit auch der Politik kein wirkliches Interesse an der Mykologie und damit einhergehend
eine entsprechende Förderung nach sich zog.Die bisherigen Projekte liefen damit entweder auf monetärer Basis oder einem Netzwerk einzeln Kämpfender mit entsprechenden Connections. Und das noch ehrenamtlich.
Also heißt das Ziel, ins Visier und ins Bewusstsein rücken, Aufmerksamkeit gewinnen.
(Auch wenn es da gerade gänzlich andere gesellschaftspolitische Probleme gibt, die hier aber nicht näher erörtert werden sollen)Die DGfM ist subjektiv betrachtet der Riese, bzw. der "Scheinriese" (Zitat) auf den alle wirklich Interessierten blicken.
Wie könnte man hier zuarbeiten / fördern / usw ? Ich stelle diese Frage bewusst einfach.
(Natürlich könnte ich zahlreiche Vorschläge mitliefern, will ich aber bewusst nicht. Fakt ist, die Möglichkeiten der DGfM müssen aufgestockt werden.)Beste Grüße,
Markus -
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Die DGfM ist subjektiv betrachtet der Riese, bzw. der "Scheinriese" (Zitat) auf den alle wirklich Interessierten blicken.Wie könnte man hier zuarbeiten / fördern / usw ? Ich stelle diese Frage bewusst einfach.
(Natürlich könnte ich zahlreiche Vorschläge mitliefern, will ich aber bewusst nicht. Fakt ist, die Möglichkeiten der DGfM müssen aufgestockt werden.)Beste Grüße,
MarkusHallo Markus,
Danke für diese aufmunternden Worte.
Die Antwort ist - wie Du schreibst - nicht eine einzelne, sondern kann nur ein Mosaik aus Hunderten kleiner Bausteine sein. Je nachdem, welchen Wissensstand und welches Zeitbudget der einzelne mitbringt.
Als allererstes würde es schon ein wenig helfen, wenn diejenigen, die solche Visionen teilen, sich zu einer Mitgliedschaft in der DGfM entschließen würden, weil wir dann leichter kommunizieren und Aktionen abstimmen könnten. Nebenbei erhöhen Mitgliederzahlen das Gewicht, wenn wir mit der Presse oder Politik reden.
Der nächste Baustein ist Öffentlichkeitsarbeit vor Ort: jede Lokalzeitung, die über die Libelle des Jahres aber nicht über den Pilz des Jahres berichtet, müsste ein Dutzend Leserbriefe erhalten. Über die Pilzausstellung muss vorher und nachher im Lokalblatt berichtet werden!
Ein weiterer wären Beiträge zur Kartierung: noch gibt es Landstriche, in denen nicht einmal ein Fliegenpilz kartiert wurde. Das wird uns immer wieder mal vorgeworfen und als Argument gegen den Nutzen von Pilzen im Naturschutz vorgeschoben (die Botaniker verteidigen ihr Terrain mit Zähnen und Klauen).
Wer sich nicht zum PSV berufen fühlt, kann ja mal über den PilzCoach nachdenken und mit der Schulklasse des Kindes einen Projekt-Tag gestalten (die Lehrer sind ja oft froh, wenn sie nicht alles selbst vorbereiten müssen).
Wer in Naturschutzverbänden aktiv ist (BUND, NaBu, ...), sollte dort mykologische Kenntnisse einbringen - ein Jammer, dass selbst unter Naturschützern eine Wissenslücke zur Rolle der Pilze in Ökosystemen vorherrscht.
In diesem Forum gibt es so viele tolle Fotos von seltenen Arten - kann man diese vielleicht http://www.pilze-deutschland.de zur Verfügung stellen?
Ich könnte hier lange fortfahren, aber noch mehr würde mich ja die Meinung von anderen interessieren...
Grüße,
Wolfgang Prüfert
(Vizepräsident der DGfM) -
Die DGfM wirkt da, glaube ich, von außen wie ein Scheinriese: DIE mykologische Institution in Deutschland! Wenn man 'reinguckt, sind es 1400 Abonnenten (davon < 50% Leser) der Z. Mykol., und im Kern 8 Ehrenamtler, die sich ein Bein ausreißen, mit zwei Handvoll Helfern im Dunstkreis, und einem Budget < 100 TEUR/Jahr.
Ein paar Schleierlings-Forscher wollen z.B. von der DGfM eine finanzielle Förderung von 200-300 Sequenzen pro Jahr - das lässt sich im finanziellen Rahmen noch gut leisten. Um von 10.000 Pilzarten zumindest je 10 Sequenzen als Referenz anzufertigen, sollte man mal 2 Mio EUR rechnen - und dafür sind die Funde noch nicht gesammelt und klassisch bestimmt worden. Geschweige denn, dass so jeder Freizeitmykologe seine Bestimmung molekular absichern könnte.
Hi Wolfgang,
Das war evtl. etwas missverständlich formuliert, ich meinte gar nicht, dass die DGfM alle Sequenzierungen finanzieren sollte (dass ihr die Projektförderung möglich machen konntet, ist für sich schon eine sehr feine Sache), sondern nur die Plattform, um Sequenzdaten zusammen mit Dokumentation zu speichern und zugänglich zu machen.
Über eine Mitgliedschaft denke ich nach.
LG, Craterelle
-
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Hi Wolfgang,
Das war evtl. etwas missverständlich formuliert, ich meinte gar nicht, dass die DGfM alle Sequenzierungen finanzieren sollte (dass ihr die Projektförderung möglich machen konntet, ist für sich schon eine sehr feine Sache), sondern nur die Plattform, um Sequenzdaten zusammen mit Dokumentation zu speichern und zugänglich zu machen.
Über eine Mitgliedschaft denke ich nach.
LG, Craterelle
Hi Craterelle,
damit das Ganze wirklich langfristig nachhaltig wird, müssten die Belege nach der Sequenzierung in einem öffentlichen Herbar (z.B. Senckenberg, Karlsruhe, München, ...) hinterlegt werden. Das ist übrigens auch etwas, das jeder Einzelne tun kann: Gut dokumentierte Funde seltener Arten so der Forschung zugänglich machen.
Von einer eigenen GenBank halte ich nichts - das gibt es schon. Zu einzelnen Funden auch die Beschreibung (z.B. als pdf), Bilder und jeweils die Bezüge zur Herbarnummer und der GenBank-Nummer anzuzeigen, ist dagegen eine gute Idee. Da wir im Rahmen des Böhmerwald-Projektes ja auch 40.000 EUR für Software zur Verfügung haben, lässt sich damit vielleicht was ermöglichen. Hast Du Lust, an der Konzeption mitzuarbeiten?
Gruß,
Wolfgang -
Hallo, zusammen!
Das legt mal wieder den Finger in meine Wunde: ich muss auch endlich mal mein ganzes Pilz - Gerümpel ins Mykis eingeben und Dagmar geben. Dann die Bilder an Peter Karasch zu schicken ist (zumindest für mich
) kein großer Aufwand.Nein, Wolfgang hat schon ganz recht. Datenbanken gibt es, und je mehr es gibt, desto schwieriger wird es, den Überblick zu behalten.
Aber nur mal laut und ganz unverbindlich nachgedacht: Das System von "Pilze-Deutschland" überzeugt mich mehr und mehr. Man wählt eine Art, bekommt die Fundorte angezeigt, ebenso wie die Bilder dazu (wenn welche hochgeladen sind). Mal angenommen, man würde die Bilder den jeweiligen Funddaten zuordnen können: Nach Anmeldung hat man ja beim Anklicken eines Fundortes ein kleines Menü an der linken Seite, das einem die Eintragungen zu dem Fundort anzeigt. Reine Gedankenspielerei: Wenn Bilder zu einem Fund hinterlegt sind, könnte man diese bestimmt dort so verknüpfen, daß sie sich zuordnen ließen. Wenn zu einem Fund eine Sequenz hinterlegt ist, könnte man diese ebenfalls dort eintragen. Oder aber einen Verweis, ob zu dem Fund eine Sequenz vorliegt und wo diese abrufbar wäre.Wie gesagt, nur eine Gedankenspielerei.
LG, Pablo.