Tiefer Einblick in ein Stockschwämmchen

Es gibt 26 Antworten in diesem Thema, welches 6.523 mal aufgerufen wurde. Der letzte Beitrag () ist von Schwammer-Dieter.

    [font="Arial"]Hallo Pilzfreunde,
    Es gibt interessante Antworten auf meine Fragen:
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    [font="Arial"]1. gibt es ein Typus-Sequenz-Verzeichnis?

    Nein.

    3. welche der vielen bekannten Berechnungs-Methoden von Phylogrammen ist üblich bei Pilzen?

    Die maximum likelihood estimation mit Rooting durch die Outgroup-Methode.

    4. bringt es überhaupt etwas ein Phylogramm zu erstellen wenn man nur einen Teil der DNA verwendet –“ also die ITS-Region. Denn: es ergeben sich logischer Weise vollkommen andere Bäume mit der ITS-Region im vergleich zu dem kompletten Genom. Das gleiche gilt für Bootstrap-Werte. Der Logik nach könnte man aus ITS-Regionen weder ein richtiges Phylogramm machen, noch korrekte Bootstrapwerte, Abstandswerte, Unterschiedswerte usw. berechnen, denn man lässt den Rest des Genoms ja einfach weg.

    Ja, und das ist sogar sinnvoll.
    Es erscheint zunächst widersinnig, dass es besser ist nur einen Teil der Sequenz heranzuziehen als die komplette, doch es wird klar wenn man folgendes weiß:
    Es gibt unterschiedliche Evolutionsgeschwindigkeiten von Genen.
    Evolutioniert ein Gen langsam, so können nah verwandte Arten kaum unterschieden werden, dafür jedoch Claden auf höherem Niveau.
    Evolutioniert ein Gen schnell, so können nah verwandte Arten gut unterschieden werden, dafür können Claden wegen der geringen Auflösung auf höherem Niveau schwer unterschieden werden.
    Eine Lösung dafür ist gerade eine ITS-Region oder eine rRNA zu verwenden da eben die Sequenz IMMER schnell evolutioniert, die Sekundeärstruktur revolutioniert jedoch langsam.     [/font]
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    Beste Grüße
    Dieter
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