Vor-Ort-Sequenzierung im Gelände - nichts ist mehr unmöglich

Servus Christoph,

dazu habe ich gerade Irmgard eine E-mail geschrieben. Feines Gerät, aber welches Wissen setzt es voraus? Mit einer fuzikleinen Probe wie unterm Mikro ins MinION (€ 900,00) versenken wird's nicht getan sein. Und wenn man den Bogen raus hat, ein Ergebnis am Schirm, stellt sich die nächste Frage. Wie ist der Zugriff auf die Gendatenbanken geregelt, darf da jeder rein?

Dieses Thema sollte von dir aufgegriffen und in einem Seminar an der Uni Wien angeboten werden. Schon gebucht, bin dabei,

LG

Peter

Guter Artikel zu den Problemchen, die das noch bereithält.
The unbearable lightness of sequenced-based identification | SpringerLink

Ganz schönes Chaos, was die Datenbanken angeht. Wenn da nicht sorgfältig vorgearbeitet, dokumentiert und eingepflegt wird ist das für die Katz, siehe den Mycena-Abschnitt.

Prinzipiell finde ich das aber cool und nützlich, wenn die Weichen jetzt korrekt gestellt werden.

Wäre ja auch für die Mikroskopierer eine gute Arbeitshilfe, wenn man zumindest schon mal weiß, wonach man denn mikroskopieren muss, bei entsprechenden BLAST-Resultaten.

LG.

Zitat von Schupfnudel

Wäre ja auch für die Mikroskopierer eine gute Arbeitshilfe, wenn man zumindest schon mal weiß, wonach man denn mikroskopieren muss, bei entsprechenden BLAST-Resultaten.

Servus Schupfnudel,

für mich wäre das Ergebnis einer Home-DNA-Sequenzierung die Spitze einer Recherche, nicht deren Basis.

Einen lesenswerten Beitrag dazu hat S. Flechtmann in ihrem Forum geschrieben, vom Fund über die Holzbestimmung bis zum DNA- Ergebnis, Ein besonderer Pilzfund: Walliser Lackporling (Gandoderma valesiacum)

Der Link in ihrem Thread zu den Ergebnissen der DNA-Sequenzierung funktioniert nicht, da issa, Bemerkenswerte Pilzarten aus Österreich - 2017

LG

Peter

Hallo Peter,

dein letzter Link funzt auch nicht.

VG Jörg

Hi Jörg,

danke für deinen Hinweis, werde ich weiterleiten. Reinkopiert erspart die Wartezeit bis zur Reparatur,

Bemerkungen: Im Juli 2017 fand SABINE FLECHTMANN einen orange-rotbraunen glänzenden gestielten Lackporling auf einem Strunk. Die anatomische Holzbestimmung durch THOMAS KASSEL resultierte in Larix, da Zwillingstüpfel häufig und der Übergang zwischen Frühholz und Spätholz schroff waren. Die Pilzbestimmung aufgrund des Substrates ergab Ganoderma valesiacum. Dieser Lackporling ist für Larix ypisch, kann aber auch an Picea und Abies auftreten. Es liegen aus Österreich bisher
13 Nachweise vor (ÖMG 2017). Die Art gilt als gefährdet (DÄMON & KRISAIGREILHUBER 2017). Lange Zeit wurde dem Substrat im Ganoderma lucidum-Komplex
kein besonderes Gewicht beigemessen und diese Art in weitem Sinn aufgefasst und somit auch G. valesiacum als synonym betrachtet. In Multigen-Analysen sind jedoch im

G. lucidum-Komplex mehr als zehn Taxa weltweit unterscheidbar (ZHOU & al. 2015). Es gibt darunter zwei Arten auf Nadelhölzern, G. tsugae MURRILL und G. oregonense
MURRILL, die sich von denen auf Laubhölzern unterscheiden. Ein weiteres Taxon auf Nadelholz, zumeist Abies, ist die häufig dunklere G. carnosum PAT. Eine ITS-basierte
Phylogenie weist jedoch darauf hin, dass die nordamerikanische G. oregonense und die europäische G. carnosum (ZHOU, unveröff.) übereinstimmen. Ganoderma carnosum hätte Priorität. Die ITS-Sequenz der vorliegenden Kollektion auf Lärche stimmt vollständig mit der Sequenz JQ781853 von Ganoderma tsugae (Voucher DAI 3937:

China, Jilin Province, Antu County, Changbaishan Nature Reserve, on fallen trunk of Larix, 21. September 2002) überein. Ganoderma valesiacum und G. tsugae sind synonym. Von den beiden Namen hat G. valesiacum Priorität (MycoBank Database). Ganoderma valesiacum ist gekennzeichnet durch gestielte Fruchtkörper mit orange-rotbrauner Oberfläche, nicht gänzlich homogenem, weißlichem bis lederbraunem oder lehmbraunen Kontext, weiters durch Fehlen konzentrischer Wachstumszonen und schwärzlicher Bänder im reifen Fruchtkörper, 4–5 weiße Poren pro mm mit dünnen Dissepimenten (20–60 µm) und ellipsoide, moderat ornamentierte Sporen (ZHOU & al. 2015). Die Sporenmaße von G. valesiacum in BERNICCHIA (2005) (9–12 × 5–7 µm), RYVARDEN & MELO (2014) (13–15 × 8–9) und ZHOU & al. (2015) [(8.8–)9–10.8(–11) × (5.3–)5.8–6.8(–7)] widersprechen sich. Die Sporenmessung des vorliegenden Fundes ergab 7,5–8,5(–9,5) × 5–6 µm (n = 25) und fügt sich damit gut in den rezenten Schlüssel des G. lucidum-Komplexes (ZHOU & al. 2015) bei G. tsugae (= G. valesiacum) ein. ZHOU & al. (2015) bemerken, dass alle 13 Arten des G. lucidum-Komplexes morphologisch ähnlich sind, aber in Bezug auf die Phylogenie mindestens drei unterschiedliche Kladen bilden, die sich jedoch nicht in ihrer geographischen Verteilung widerspiegeln. So ist G. valesiacum aus den USA, in Europa von Großbritannien über Frankreich, Tschechien bis Russland und aus China bekannt.
Untersuchte Kollektion: Salzburg, Maria Alm, 47° 26' 06.0" N, 12° 54' 27.4" O, 1077 m s. m,
Fichten- und Lärchenbestand, leg. SABINE FLECHTMANN, 20. Juli 2017, WU 39706.

LG

Peter

Nochmal zurück zu dem Gerät im Startbeitrag.

Würde es sich da nicht lohnen, wenn sich z.B. größere Pilzvereine so ein Teil zulegen um dann ggf. selbst zu sequenzieren? Würde sich doch dann schon fast lohnen, wenn man das öfters braucht, als jedes Mal externe bezahlen zu müssen, oder?

Man bräuchte natürlich jemanden, der sich mit der Bedienung und der Interpretation auskennt. Gibt's da schon einen Verein, der so was hat?

Oder stelle ich mir das zu leicht vor und man braucht halt noch Laborbedingungen, teures Zusatzequipment bzw. eine entsprechende Örtlichkeit, dazu?

Huhu. Na das klingt doch fein. Das wäre so was wo ich auch Spaß dran hätte mich reinzubeißen obwohl Molekularbiologie nun wirklich nicht mein Fachgebiet ist. Hab' mir die Tage erst ein knapp einstündiges Video darüber angeschaut, wo der Prozess mit Pilzen schön live gezeigt und erklärt wurde. Natürlich bei weitem nicht alle Feinheiten durchschaut, aber spannend ist's auf jeden Fall.

Das schöne daran ist auch, dass man sich auch reinteilen kann mit seinen Vereinsmitgliedern. Einer sammelt und dokumentiert, der nächste mikroskopiert, der andere sequenziert und publiziert, falls was Spannendes/Neues ist. Jeder nach seiner Fa­çon. Habe vor ein paar Tagen erst wieder irgendwo einen Verpa ITS tree gesehen, wo aus America wieder bisschen was neues dazugekommen ist, was man dann ja auch nochmal genauer anschauen kann. Da war es ganz cool, dass man sich meistens gleich noch ein paar Bilder dazu auf iNaturalist anschauen konnte um sich 'nen Eindruck von dem Exemplar zu machen. Schon fein, das Internet.

Oder wenn ich da z.B. so an die C. venenatum oder C. brunneum Originalbeschreibungs-Diskussion denke, könnte das ja auch ganz spannend sein, da mal genauer hinzuschauen, falls da in der Richtung schon bisschen was Handfestes sequenziert und ordentlich dokumentiert wurde.

Gib dann gerne mal ein Update, wenn du da was in Angriff nimmst. Alle anderen natürlich auch, falls es da noch weitere mit Plänen gibt.

LG.

Na ja,

weitere Pläne für Kärnten, über den Naturwissenschaftlichen Verein, getraue ich mich zu verneinen. Unser Bundesland hat für 20 Milliarden Euro gehaftet und die Haftung ist schlagend geworden. Hypo-Skandal ... Nebenbei wurde fleißig 'ausgelagert' und weitere Kredite aufgenommen, die im Budget nicht auftauchten. Ob es jetzt aktuell drei oder vier Milliarden Miese sind spielt net wirklich eine Rolle. Katastrophal aber für Vereine, die auf Zuschüsse der öffentlichen Hand angewiesen sind.

Ob man dass mit 'Gürtel enger schnallen' oder mit dem 'Strick um den Kopf' bezeichnet ist nebensächlich.

Ich warte die Erfahrungen im Handling mit dem Sequenzierer der Uni Wien ab, dann denke ich weiter,

LG

Peter