Leccinum sp.

Hallo.

Hm. Ja... oder besser "jein".

Irgendwie sieht mir das nach einem dieser Pilze aus, die zwar recht nahe an Leccinum variicolor dran sind, aber eben doch nicht wirklich diese Art.
Da sind ein paar Taxa beschrieben (bertauxii zB), die nachher wieder in Synymlisten verschwunden sind. Das alles gehört meienr Ansicht nach nochmal gründlich neu beobachtet - wenn man irgendwann wirklich grundlegend das ITS - Problem bei Leccinum lösen kann (die Mikrosatelliten in der Sequenz sind zwar bekannt, aber nach wie vor schwer zu definieren bzw. die Sequenzen sind immer noch nicht wirklich vergleichbar).

LG; Pablo.

Zitat von Beorn

Hallo.

Hm. Ja... oder besser "jein".

Irgendwie sieht mir das nach einem dieser Pilze aus, die zwar recht nahe an Leccinum variicolor dran sind, aber eben doch nicht wirklich diese Art.
Da sind ein paar Taxa beschrieben (bertauxii zB), die nachher wieder in Synymlisten verschwunden sind. Das alles gehört meienr Ansicht nach nochmal gründlich neu beobachtet - wenn man irgendwann wirklich grundlegend das ITS - Problem bei Leccinum lösen kann (die Mikrosatelliten in der Sequenz sind zwar bekannt, aber nach wie vor schwer zu definieren bzw. die Sequenzen sind immer noch nicht wirklich vergleichbar).

LG; Pablo.

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In so einem Fall sollte nicht mit der ITS weitergeforscht werden, sondern mit anderen Loci. Die Mikrosatelliten bekommst du nicht so leicht raus. Maximal händisch aus den den Sequenzen löschen.

l.g.

Stefan

Hallo, Stefan!

Also wenn es denn nicht noch mehr Aufwand bedeutet, eine andere Sequenz zu finden, die ebenso starke Aussagekraft hat, dann wäre das sinnvoll.

Wenn sich die Mikrosatelliten denn händisch sicher rausbaldovern ließen, dann könnte man aber doch auch das machen?
Ist halt super viel Arbeit (je nach Anzahl der Sequenzen), weil mans nicht einfach mit Mega oder so alignieren kann.
Aber wenn abgesehen von den Mikrosatelliten halt die ITS die zuverlässigste Sequenz ist, müsste früher oder später doch jemand mal dran.

Ach...

Wenn man denn die Mikrosatelliten kennt, also wenn die immer gleich aussehen (gleiches Motif am Anfang und am Ende), dann kann man die theoretisch auch mit Mega raussortieren.

LG, Pablo.

Zitat von Beorn

Hallo, Stefan!

Also wenn es denn nicht noch mehr Aufwand bedeutet, eine andere Sequenz zu finden, die ebenso starke Aussagekraft hat, dann wäre das sinnvoll.

Wenn sich die Mikrosatelliten denn händisch sicher rausbaldovern ließen, dann könnte man aber doch auch das machen?
Ist halt super viel Arbeit (je nach Anzahl der Sequenzen), weil mans nicht einfach mit Mega oder so alignieren kann.
Aber wenn abgesehen von den Mikrosatelliten halt die ITS die zuverlässigste Sequenz ist, müsste früher oder später doch jemand mal dran.

Ach...

Wenn man denn die Mikrosatelliten kennt, also wenn die immer gleich aussehen (gleiches Motif am Anfang und am Ende), dann kann man die theoretisch auch mit Mega raussortieren.

LG, Pablo.

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ITS allein ist meistens nicht zuverlässig, aus verschiedenen Gründen. Der einleuchtendste ist die irrige Annahme, dass alle tausende ITS-Kopien im Genom gleich evolvieren. Diese Einschätzung hat mir ein erfahrener Pflanzengenetiker von der TU-Dresden letztes Jahr im Rahmen eines Vortrages zu dem Thema bestätigt.

Dass die ITS bei der genetischen Artbestimmung oft ungeeignet ist, siehst du bei Peziza, Hebeloma usw. Dazu müssen andere Loci erst gefunden werden. Ein zusätzliches Problem bei Leccinum ist die Polyploidie, d.h. du musst auch noch Chromosome zählen.

Nur allein auf die ITS zu vertrauen ist nicht günstig. Ein besseres, diplomatisches Wort fällt mir gerade dazu nicht ein.

l.g.

Stefan

Guten Morgen Stefan!

Ist doch ebenso diplomatisch wie deutlich genug ausgedrückt.
Ich kann dir da auf jeden Fall folgen, würde aber die ITS dennoch nicht ganz in den Wind schießen, auch wenn sie gerade hier besonders schwer interpretiertbar ist.
Es zeigt sich halt mehr nd mehr, daß Lebenwesen nochmal viel komplexer sind und mehr sind als nur die Summe ihrer Gene.

LG, Pablo.