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Hi Philipp,
so kompliziert ist das gar nicht. Mit EOS-Utility hat man eine prima Kamerasteuerungssoftware und wenn man etwas Photoshop kann, sind auch Maßstabsbalken kein Problem.
Axiovision kann ja eigentlich auch fast alles, nur die Streckenmessung ist halt etwas unkomfortabel, weshalb ich jetzt ImageJ ganz interessant finde.😉
Viele Grüße
Ralph
Dachte ich mir schon dass das irgendwie geht. Diese beiden Funktionen (Masslinien und verschiedene Kalibrierungen für verschiedene Objektive speichern) hat jede Software die man zu Mikroskopkameras, egal von welchem Hersteller, dazu bekommt. Deshalb verstehe ich nicht wieso sich so viele Leute ihre DSRL oder Systemkamera aufs Mik montieren.
Nö. Das hat doch gar nichts miteinander zu tun. Das eine ist eine Kamera, das andere ist Software, die mit gemachten Bildern arbeitet und ggf. Metadaten verwendet.
Wenn man aber nicht so technikaffin ist und einfach etwas will das funktioniert, ohne dass man überhaupt genau weiss was man da tut, kauft man sich besser eine Mikroskopkamera.
Wenn man nicht weiß, was man tut, dann wird man auch mit einer Mikroskopkamera sein blaues Wunder erwarten. Denn die Software kann nur richtig rechnen, wenn man die richtigen Einstellungen vornimmt. So z. B. die Vergrößerung des Fototubus, neben dem gewählten Objektiv. Schön ist auch, wenn die Software gleich erkennt, welches Objektiv gerade benutzt wird. Ebenso wie eine Motorisierung. Aber kostet halt alles. Ein Student von uns hatte mal den Fehler gemacht und einen falschen Wert angegeben. Sämtliche Maßangaben waren falsch und er musste alles neu machen.
Hallo zusammen,
ZitatEin Student von uns hatte mal den Fehler gemacht und einen falschen Wert angegeben. Sämtliche Maßangaben waren falsch und er musste alles neu machen.
Deshalb sollte man ja nach Möglichkeit so wenig wie möglich manuell arbeiten und Skripte benutzen, wann immer es geht. Sporen muß man zwar im Zweifelsfall noch selber erkennen, aber idealerweise sollte danach eben ein Skript die weitere Auswertung übernehmen. Dann ist im Nachhinein auch klar erkenntlich, was an welcher Stelle schief gelaufen ist und es läßt sich in Sekundenbruchteilen korrigieren.
Zurück zum Ausgangsproblem: Es gibt für Fiji ein Plugin, mit dem man verschiedene Maßstäbe vordefinieren kann. Das ist eben der Vorteil eines quelloffenen Programms, wo eine große Community fleißig dran rumwerkelt. Die Installation und Benutzung wird hier sehr ausführlich diskutiert. Wenn man sich dann noch einen entsprechenden Shortcut für das Aufrufen des Plugins definiert sind Messungen mit Fiji ein Kinderspiel.
Björn
Hi
Klar, einmal richtig kalibrieren und dann auch die richtige Kalibrierung auswählen muss man schon. Nach einer verständlichen Anleitung die man mitgeliefert bekommt. Kein Vergleich zu ImageJ. Ich hab jedenfalls ohne jemals mehr als ein Zwiebelhäutchen mikroskopiert zu haben ein Mik und ne Kamera dazu gekauft und habe einfach ausprobiert. Als ich im Pilzverein angefangen habe Bilder mit Messungen etc. zu zeigen bin ich von anderen Amateuren gefragt worden wo ich das alles gelernt habe, ob ich das beruflich mache. Und ich so: Äh... Nö, ich bin Handwerker. 
Dabei fand ich die Bilder nicht mal soo gut.
Eine Software die selber erkennt welches Objektiv benutzt wird ist wohl ziemlich HighEnd, das hat wohl kaum ein Amateur
Fein, danke Björn!
Viele Grüße
Ralph
Eine Software die selber erkennt welches Objektiv benutzt wird ist wohl ziemlich HighEnd, das hat wohl kaum ein Amateur
Die Softwareansteuerung ist da nicht das Problem. Das Mikroskop muss die Information aber erst mal erfassen und an die Software weitergeben.
Euromexx, ein Mikroskophersteller, bietet übrigens seine "Image Focus" Software auch für Mac an. Nutzt aber nur etwas, wenn man ein Mikroskop oder eine Kamera von denen hat.
Eine Software die selber erkennt welches Objektiv benutzt wird ist wohl ziemlich HighEnd, das hat wohl kaum ein Amateur
Die Softwareansteuerung ist da nicht das Problem. Das Mikroskop muss die Information aber erst mal erfassen und an die Software weitergeben.
Das mein ich, das sind dann wahrscheinlich Geräte wo schon nur das Gerüst ohne Objektive oder Beleuchtung einige Tausender kostet. Sowas hat kaum ein Amateur
Ja, da braucht man halt einen Obektivrevolver, der den zurzeit verwendeten Objektivplatz verwendet. Und in der Software muss der Nummer des Objektivrevolverplatzes dann das richtige Objektiv zugewiesen werden. Im Grunde heute kein Hexenwerk mehr. Aber klar, das lässt man sich dann auch bezahlen, wenn man das anbieten kann. Wenn man aber andererseits bedenkt, dass sich heute in jeder besseren Taschenlampe ein Mikrocontroller befindet oder wie kompliziert ein Kaffeevollautomat ist, sollte das eigentlich bei den Mikroskopen im dreistelligen Preisbereich längst Standard sein.
Es gibt für Fiji ein Plugin, mit dem man verschiedene Maßstäbe vordefinieren kann. Das ist eben der Vorteil eines quelloffenen Programms, wo eine große Community fleißig dran rumwerkelt. Die Installation und Benutzung wird hier sehr ausführlich diskutiert. Wenn man sich dann noch einen entsprechenden Shortcut für das Aufrufen des Plugins definiert sind Messungen mit Fiji ein Kinderspiel.
Very nice! Das einzurichten ist jetzt aber wirklich nichts das ich mal kurz meiner Freundin erklären würde. 
Guten Abend!
Das sind ja viele Rückmeldungen, vielen Dank!
Ja..festhalten kann man wohl, dass es ganz viele Mess-Programme für Windows gibt, aber nicht so viele für MAC. Wenn man keinen Stress haben möchte ist es wohl so, dass man eine Mikroskopkamera kaufen sollte, die ein entsprechendes Programm schon mitliefert (wovon es ja Programme auch für MAC gibt). Ich hatte auch zunächst überlegt, ob ich so eine Kamera mitbestelle (wobei ich zu dem Zeitpunkt noch kein Problembewusstsein hatte). Da ich aber passionierte Hobby-Pilzfotografin bin und mir dazu auch eine gar nicht mal so billige System-Kamera zugelegt habe, hat mein Fotografenkumpel mich quasi inständig angefleht, bloß keine Mikroskopkamera zu kaufen. Ich konnte ja nicht ahnen, was für Probleme das mit sich bringt. Hätte ich das vorher gewusst, hätte ich mir das vielleicht anders überlegt. Gerade weil dieses T2 Rohr für den Kameraanschluss so teuer war, dass man dafür schon im Grunde eine Mikroskopkamera hätte kaufen können.
Es ist nämlich so, dass ich zu den Personen gehöre, die so überhaupt nicht technikaffin sind (habe schon genug mit meinen Kameraeinstellungen zu kämpfen und versuche mich da eher in learning by doing und trial and error). Ich habe zu technischen Dingen auch überhaupt keine Lust und kein Interesse dafür. Am liebsten möchte ich alles anschließen und dann funktioniert gleich alles. Von daher wäre die Mikroskopkamera mit mitgelieferter Software wohl doch eher das Richtige für mich gewesen, aber das konnte ich ja nicht ahnen, wenn da ein Fotograf stundenlang auf mich einredet und davon schwärmt was für wunderbare High Resolution Aufnahmen ich doch mit meiner Kamera machen kann (bislang noch keine einzige High Resolution Aufnahme hinbekommen).
Aktueller Status ist, dass ich jetzt doch Olympus Capture zum Laufen bringen konnte, seitdem mir aufgefallen ist, dass ich die Kamera mit dem fast identisch aussehenden, aber falschen USB-Kabel angeschlossen hatte. Anscheinend baut da Olympus irgendetwas ein, weshalb man nur Originalkabel benutzen kann. Allerdings schloss sich gleich das nächste Problem an. Auf dem somit einsetzbaren Live-View sieht das Bild erheblich schlechter aus als wenn ich beim Mikroskop durch die Okulare schaue. So erheblich schlechter, dass ich überhaupt keine Lust habe auf den Laptop zu gucken und doch die ganze Zeit nur durch die Okulare blicke. Das ist jetzt auch nicht so im Sinne des Erfinders. Ein Messprogramm konnte ich damit auch noch nicht verknüpfen.
Letztlich werde ich mich dann wohl doch mit Fiji begnügen. Immerhin habe ich das (mit Hilfe) bei einfachster Nutzungsweise (rein zum Sporenmessen) zum Laufen bringen können. Da ich bei der Aussage, ich könne doch einfach Skripte programmieren, jedoch zugegebenermaßen herzlich lachen musste, werde ich mich als völlige Technik-Versagerin wohl damit begnügen müssen die Kalibrierungsdaten für die verschiedenen Objektive auswendig zu lernen und sie immer wieder neu bei "Set Scale" einzutragen. Ich bezweifle ehrlich gesagt, dass ich irgendwann mal die Motivation entwickeln sollte, mir zu dem Programm Tutorials anzuschauen. Mit sowas kann man mich echt jagen 
Ich freue mich aber sehr für euch, dass das Programm noch so viele Möglichkeiten bietet und ihr sie auch nutzen könnt. Ein Kumpel, der meine technischen Fähigkeiten kennt, hat mir neulich ironischerweise stolz berichtet, dass er sein Diagnoseprogramm für Hardwarestörungen "Sandra" nennt = System ANalyse Diagnose und Report Assistent. Welch Ironie 
Mal sehen. Wenn es mich irgendwann alles extrem nerven sollte, besteht ja jederzeit die Möglichkeit, noch im Nachhinein eine Mikroskopkamera nachzurüsten.
Was die Idee mit der parallelen Windowsnutzung und Virtualbox angeht, bin ich da nicht so ein Fan von. Ich finde es irgendwie albern diesen ganzen Aufriss nur zu machen, weil man ein einziges Programm nutzen möchte. Außerdem hab ich den Link so verstanden, dass das Programm "Virtualbox" zwar kostenlos ist, dann muss man da ja aber das Windows-Betriebssystem aufsetzen, aber das wird ja wohl nicht kostenlos sein. Und das alles nur für ein Sporen-Messprogramm... puh... ist nicht so meins. Aber das kommt dann ja vielleicht für Nutzer in Betracht, die ohnehin auf ihrem MAC noch andere Windows-Programme vermissen.
Peter: Was meinst du eigentlich mit Mikroskopie-Forum? Wo finde ich das? Ich habe da nämlich noch ganz viele Fragen zur Pilzmikroskopie im Einzelnen. 
Ich habe eigentlich im April einen Mikroskopie-Kurs bei Felix Hampe gebucht, aber man kann sich ja in heutigen Zeiten eher nicht darauf verlassen, dass der auch stattfinden kann.
Vielen Dank erst einmal für eure Tipps
LG
Sandra
Hallo Sandra,
da du dich ja nun doch für Fiji entschieden hast: Du wirst ja in der Regel nicht nur eine Spore messen, sondern 20 Stück um dann Mittelwerte und Standardabweichungen oder Minimal- und Maximalwerte zu berechnen. Ich weiß natürlich nicht, wie du das machst - da gibt es im Prinzip ja unendliche viele Möglichkeiten - aber man kann das natürlich bequem in Excel/LibreOffice Calc machen (und das sage ich als jemand, der solche Programme eigentlich nie freiwillig nutzen würde). Da kann man sich eine Tabelle basteln, in die man die Meßergebnisse aus Fiji reinkopiert und die dann die gewünschten Größen berechnet. Und an der Stelle kann man dann natürlich auch direkt die Skalierung einbauen - die ändert sich ja nicht.
Björn
Hallo Sandra,
[...]
Auf dem somit einsetzbaren Live-View sieht das Bild erheblich schlechter aus als wenn ich beim Mikroskop durch die Okulare schaue.
[...]
Das muß nichts heißen. Mein Eos-Utility zeigt auch ein total grottiges Live-View-Bild, das aber das Wesentliche zeigt und ein Scharfstellen am Monitor ermöglicht. Der Bildaufbau muss schnell sein, deshalb versucht man bei Live-View die Pixelanzahl möglichst gering zu halten.
Die fertige Bilddatei sieht dann aber gut aus.
Viele Grüße
Ralph
PS. : Die Win10 Vollversion gibt's für etwa 20€,aber ich verstehe Deine Sichtweise auch...
Hi,
mit Eos-Utility klappt es, wenn man über den Bildschirm scharf stellt. Damit bekommt man gestochen scharfe Aufnahmen.
Meine Kamera's habe ich auf RAW eingestellt, JPG kann ich nicht bearbeiten. Bin z' blöd dafür, 
LG
Peter
Was die Idee mit der parallelen Windowsnutzung und Virtualbox angeht, bin ich da nicht so ein Fan von. Ich finde es irgendwie albern diesen ganzen Aufriss nur zu machen, weil man ein einziges Programm nutzen möchte. Außerdem hab ich den Link so verstanden, dass das Programm "Virtualbox" zwar kostenlos ist, dann muss man da ja aber das Windows-Betriebssystem aufsetzen, aber das wird ja wohl nicht kostenlos sein. Und das alles nur für ein Sporen-Messprogramm... puh... ist nicht so meins. Aber das kommt dann ja vielleicht für Nutzer in Betracht, die ohnehin auf ihrem MAC noch andere Windows-Programme vermissen.
Also, das mit Windows ist schon richtig: du brauchst streng genommen eine Lizenz. Ließe sich möglicherweise auftreiben. Es werden ja haufenweise Geräte mit gültigen Windowslizenzen weggeschmissen. Ich verstehe aber, dass dir das zu umständlich ist, um nur mal eben Sporen messen zu können.
Daher bin ich ein Fan von plattformunabhängiger Software. Ich selbst nutze Linux und Windows und bin jedes Mal angenervt, wenn es etwas nicht für beide Betriebssysteme gibt. Fiji/ImageJ haben eben diesen Vorteil, da in Java programmiert. So lange man die korrekte Laufzeitumgebung installiert hat, läuft das auf jedem Betriebssystem.
Wenn du mir deine Mikroskopdaten mitteilst, kann ich die auch eben eintragen und dir hier das Fiji Package hochladen - mit Microscope Measurement Tools und deinen Mikroskopdaten.
Habe das eben mal ausprobiert. Funktioniert ganz gut, aber bei mir ist vor dem µM noch ein A mit Accent circonflex darüber. Das gehört da irgendwie nicht hin. Müsste an dem Draw_Measurement_-_Line.py liegen, aber ich bin jetzt zu müde danach zu gucken.
Zu dem seltsamen Zeichen vor dem "µm":
Die Zeile 105 in Draw_Measurement_-_Line.py soll wohl genau das verhindern, funktioniert aber offensichtlich bei mir nicht.
if unit[0] == u'\xc2': unit=unit[1:] # strip weird char at start of \mu
Weiß da jemand spontan Rat?
Edit: Das Zeichen, was da bei mir zu viel ist, hat eigentlich den UTF-8-Code \xc3. Hat bei mir aber auch nicht geklappt. Ich habe es für mich jetzt kurzerhand so gelöst, dass ich das Zeichen am Anfang einfach immer entferne. Da die Einheit bei mir (und bei Verwendung des Mikroskop-Tools) sowieso µm ist, sollte das nicht weiter stören. Jedenfalls klappt das bei mir mit folgender Zeile anstatt obiger:
unit=unit[1:] # strip char at start of \mu (workaround)
Alles anzeigenWas die Idee mit der parallelen Windowsnutzung und Virtualbox angeht, bin ich da nicht so ein Fan von. Ich finde es irgendwie albern diesen ganzen Aufriss nur zu machen, weil man ein einziges Programm nutzen möchte. Außerdem hab ich den Link so verstanden, dass das Programm "Virtualbox" zwar kostenlos ist, dann muss man da ja aber das Windows-Betriebssystem aufsetzen, aber das wird ja wohl nicht kostenlos sein. Und das alles nur für ein Sporen-Messprogramm... puh... ist nicht so meins. Aber das kommt dann ja vielleicht für Nutzer in Betracht, die ohnehin auf ihrem MAC noch andere Windows-Programme vermissen.
Also, das mit Windows ist schon richtig: du brauchst streng genommen eine Lizenz. Ließe sich möglicherweise auftreiben. Es werden ja haufenweise Geräte mit gültigen Windowslizenzen weggeschmissen. Ich verstehe aber, dass dir das zu umständlich ist, um nur mal eben Sporen messen zu können.
Daher bin ich ein Fan von plattformunabhängiger Software. Ich selbst nutze Linux und Windows und bin jedes Mal angenervt, wenn es etwas nicht für beide Betriebssysteme gibt. Fiji/ImageJ haben eben diesen Vorteil, da in Java programmiert. So lange man die korrekte Laufzeitumgebung installiert hat, läuft das auf jedem Betriebssystem.
Wenn du mir deine Mikroskopdaten mitteilst, kann ich die auch eben eintragen und dir hier das Fiji Package hochladen - mit Microscope Measurement Tools und deinen Mikroskopdaten.
Habe das eben mal ausprobiert. Funktioniert ganz gut, aber bei mir ist vor dem µM noch ein A mit Accent circonflex darüber. Das gehört da irgendwie nicht hin. Müsste an dem Draw_Measurement_-_Line.py liegen, aber ich bin jetzt zu müde danach zu gucken.
Das wäre natürlich total Klasse und würde mich sehr begeistern 
Ich schick sie dir heute Abend.
LG und vielen lieben Dank
Sandra
Hier mal ein Beispiel:
lg
Eigentlich ist das wirklich einfach, das Microscope Measurement Tool zu installieren: Zip herunter laden und den entpackten Ordner "Analyze" in Fiji_app/plugins/scripts kopieren. Dann sollte man noch die in dem Ordner befindliche Datei Microscope_Calibrations_user_settings.py editieren und seine Mikroskopdaten da eingeben.
Farbe, Liniendicke und Textgröße lassen sich ebenfalls in dieser Datei anpassen. Die Variable linethickness steht da für die Liniendicke, die Variable textsize für die Textgröße usw. Schön wäre da vielleicht ein Einstellungsdialogfenster. Also als weiterer Menüpunkt unter "Microscope Measurement Tools" noch ein Punkt "Change color, fontsize and line thickness". Andererseits richtet man das ja nur ein Mal ein, so dass es passt.
Hi Digi Haha sorry, kleiner Scherz. die meisten grüssen hier mit ihrem richtigen Namen.
Wie hast du die Nachkommastellen von 3 auf 1 gesetzt?
€ Ok, hat sich erledigt. Ich habe die Datei so lange angestarrt bis sie mir verraten hat welche 3 ich mit einer 1 ersetzen muss... Ich verstehe sehr wenig von solchem Kram, ich weiss nur was Code und was Kommentar ist darum hab ich es dann trotzdem gefunden...
Hi Philipp,
falls du (oder andere) noch Anpassungen wünschen, gucke ich gerne danach, wo man das ändern kann.
Grüße
Oliver
Grüezi
Ich habe mir auch (endlich!) wieder ein MacBook gekauft. Die Software für die Motic Kamera funktioniert fast besser als unter Windows. Dort haben sich immer die Fenster komisch verhalten. Für die Bresser Kamera ist nur eine abgespeckte Version der Software verfügbar. Habe die bis jetzt nur kurz angeschaut, sieht definitiv billiger aus als die Windows Version aber scheint zu funktionieren und ich habe bis jetzt nichts gesehen was ich vermissen würde. Ich habe mich jetzt sowieso mit ImageJ angefreundet, das musste ich nicht neu einrichten sondern einfach die entsprechenden Dateien von der Windows Kiste auf ne Speicherkarte kopieren und am richtigen Ort einfügen. Die Kameras liefern ja gleiche Auflösung, egal auf welchen Betriebssystem, also bleibt die ganze Kalibrierung auch gleich.
Yeah, endlich wieder ein Computer der einfach einige Jahre tadellos funktioniert ohne mich zu immer nerven. 
