Beiträge von Florian1986

  • DNA-Sequenzierungen

    Hallo Bernd,


    ich bin zwar nicht Wolfgang, aber vielleicht kann ich dir trotzdem helfen.


    Wenn du ein Exsikat sequenzieren lassen möchtest, dann musst du zuerst die DNA extrahieren (lassen). Hier hast du laut Homepage zwei Optionen, du kannst das mittels Kit (das sind üblicherweise spezielle Säulchen, mittels derer die DNA von Verunreinigungen wie Proteinen befreit wird) oder über ein günstigeres Protokoll machen lassen. Macht halt preislich einen Unterschied, am Ende vielleicht auch einen in der Qualität der Sequenz.


    Der zweite Schritt ist dann die Vervielfältigung des gewünschten Abschnittes der DNA mittels PCR. Da hast du auch wieder drei verschiedene Optionen. Die Taq-Polymerase ist günstig, macht aber rein statistisch alle paar tausend Basenpaare einen Fehler, sprich eventuell ist am Ende eine Base in deiner Sequenz falsch. Die HiFi-Taq ist teurer, hat aber eine Korrekturfunktion, wodurch die Fehlerrate deutlich gesenkt wird. Es wird also während der Vervielfältigung geprüft, ob die Reihenfolge der Basen korrekt ist. Die PCR-beads habe ich selbst noch nie verwendet, die sollen nochmal robuster und fehleranfälliger sein. Da ich noch nicht damit gearbeitet habe, weiß ich allerdings nicht, ob sich da der Aufpreis für dich lohnt.


    Im dritten Schritt wird der Abschnitt entweder sequenziert, oder nach einer Reinigung sequenziert. In der Reinigung wird der vervielfältigte DNA-Abschnitt von der Polymerase aus der PCR, sowie Salzen und weiteren Bestandteilen gesäubert, was sich positiv auf die Qualität der erhaltenen Sequenz auswirkt. In der Sequenzierung wird dann die Abfolge der DNA-Basen ermittelt.


    Ab dem Schritt könnte man dann die Sequenz selbst analysieren. Wenn du den Baum haben möchtest, dann solltest du noch Sequence editing (da wird die Sequenz nochmal gecheckt und mögliche Fehler korrigiert) und Phylogenetic tree figure wählen. Nicht ganz klar ist mir, was du bei der Option der phylogenetischen Analyse an Daten geschickt bekommst, das können dir vielleicht Wolfgang oder Anbieter beantworten. Diese Schritte könnte man allerdings mit etwas Erfahrung auch selbst machen, da diese Arbeit am Computer stattfindet.


    Fazit: Du brauchst auf jeden Fall die drei Schritte "DNA Extraction", "PCR amplification" und "Sequencing", wobei du da verschiedene Optionen hast, die Einfluss auf die Qualität der Sequenz haben (können). Ob du für die Erstellung des Bäumchens die phylogenetische Analyse dazubuchen musst, oder ob das dann in den 20 Euro dabei ist, das kann ich dir leider nicht beantworten.


    Liebe Grüße,
    Florian

  • Aktenzeichen D: die geheimen Exzesse der Drosophila

    Hallo Jan-Arne,


    vielen Dank für die Fundliste und die viele Arbeit, die du da rein gesteckt hast!


    Zwei Sachen sind mir noch aufgefallen:
    - Die Peziza arvernensis hat als Substrat Verbascum angegeben, das passt natürlich nicht (hatte ich mich vielleicht auch vertippt). Das Substrat gehört allerdings zu Lachnella villosa
    - Peniophora quercina steht bei den Ascos


    Hymenoscyphus rokebyensis war der Fund von Matthias relativ am Anfang vom Wald? Sehr schön :thumbup: .


    Liebe Grüße,
    Florian

  • Aktenzeichen D: die geheimen Exzesse der Drosophila

    Hallo zusammen,


    sehr gute Idee :thumbup: . Die Sporen scheinen zu passen, ich habe gestern allerdings nur mal ganz kurz reingeschaut, nachdem ich erst mal ein paar andere Pilzchen mikroskopiert hatte, die zu vergammeln drohten. Ein paar Hasenköttel habe ich auch eingesammelt, daran wächst auch schon Einiges. Ascobolus immersus konnte ich schon mal abhaken. Bilder folgen dann bei Gelegenheit :) .


    Stefan: Entschuldige bitte, dass ich dir nichts mehr von den Dungtintlingen mitgegeben hatte, das habe ich tatsächlich vergessen :shy: .


    Liebe Grüße,
    Florian

  • Becherling? Und wenn ja, welcher?

    Hallo Maria,


    dein Becherling ist ziemlich sicher eine Peziza. Es könnte bei dem Standort und vom makroskopischen Eindruck Peziza arvernensis sein, allerdings kommen da noch weitere Arten in Frage. Ohne mikroskopische Untersuchung also sehr spekulativ ;) . Geruch eventuell spermatisch?


    Liebe Grüße,
    Florian

  • Ascobolus lignatilis? --> Ascobolus foliicola

    Hallo Nobi,


    wunderbar, herzlichen Dank! Allzu häufig scheint sich die Art ja nicht finden zu lassen, umso schöner ist es dann, wenn es weitere Bilder dazu gibt. Auf der Suche nach passenden Namen ist mir mal wieder aufgefallen, wie hilfreich das ist, was hier im Forum schon alles an Daten, Bildern und Portraits eingestellt wurde :thumbup: .


    Liebe Grüße,
    Florian

  • Unbekannter Pyrenomycet

    Zitat von Climbingfreak

    Was Anamorphes ist aus deiner Sicht auszuschließen? Wäre auch noch möglich, dass es sich um ein Coelomcycet handelt...


    l.g.
    Stefan


    Auf dem letzten Bild scheint man schon unreife Asci zu sehen. Reife wären aber auf jeden Fall hilfreich, ansonsten kann man nur hoffen, dass Jemand solche auffälligen Perithecien schon einmal gesehen hat. Also sollte man vielleicht mal bei Klaus Siepe (Klaus009) oder Björn Wergen anfragen, oder ansonsten im Ascofrance. Oder vielleicht hat ja der Nobi noch eine Idee, wenn er wieder da ist?


    Btw.: Auf der Suche nach etwas Passendem musste ich feststellen, dass es die tolle Website von Eric Boehm (Hysteriaceae) wohl leider nicht mehr gibt ;( .


    Liebe Grüße,
    Florian

  • Ascobolus lignatilis? --> Ascobolus foliicola

    Hallo Andreas,


    vielen Dank für deine Antwort! Gegen A. furfuraceus sprechen für mich vor allem die Sporengröße- und Form, sowie das Wachstum in Pflanzenerde. Im Moment tendiere ich aufgrund der Apotheciengröße und des fehlenden Stiels eher zu A. michaudii, als zu A. lignatilis. Da muss ich aber noch ein bisschen Literatur wälzen und die Reaktion der Asci auf Lugol testen.



    Liebe Grüße,
    Florian

  • Ascobolus lignatilis? --> Ascobolus foliicola

    Hallo zusammen,


    er wächst zwar nicht auf Dung, aber ist hier sicherlich gut aufgehoben: Ein Ascobolus aus einem Blumenkasten :) . Beim Schlüsseln lande ich bei Ascobolus lignatilis. Seht ihr das auch so, oder spricht da etwas dagegen? Ich habe versucht ein paar Merkmale zu knipsen, auffällig ist auf jeden Fall das variable Ornament (von Längsgestreift mit Querverbindungen bis "gebogen-querstreifig"):



    Vielen Dank und viele Grüße,
    Florian

  • Mai-Ritterling ?

    Zitat von Oehrling


    Hallo Teetrinker,
    ich greife jetzt mal das Bestimmungskriterium auf, das ich neulich dankenswerterweise durch dieses Forum kennen gelernt habe, und sage, dass das Verhältnis von Hutfleischbreite zu Lamellenbreite für den Mairitterling spricht. Letzte Sicherheit gibt das Aussporenlassen (mit weißlich für den Mairitterling und rötlich für einen der Rötlinge). Der Geruch - na ja... - die einschlägigen Rötlinge riechen, wenn auch nicht so stark, wohl ebenfalls mehlig-gurkig.
    FG
    Oehrling


    Hier mal ein Vergleichsbild, links Rötling, rechts Maipilz:



    Viele grüße,
    Florian

  • Submerser? Hyphomycet Edit: Mortierella sp.

    Update: Es handelt sich wohl um einen Zygomycet der Gattung Mortierella. Ich hatte Walter Gams diesbezüglich kontaktiert, er wollte sich die Kollektion gerne anschauen, weil die warzigen Sporen wohl etwas sehr ungewöhnliches sind. Aber manchmal macht das Leben solchen Vorhaben einen Strich durch die Rechnung, Walter Gams ist leider vergangenes Wochenende überraschend verstorben :( .


    Viele Grüße,
    Florian

  • Submerser? Hyphomycet Edit: Mortierella sp.

    Hallo zusammen,


    folgenden Hyphomycet habe ich auf einem indet. Laubholzast, der auf einem Bachgrund lag gefunden und komme nicht auf einen passenden Namen. Hat Jemand eine Idee dazu? Ob der Hyphomycet wirklich eine aquatische Art ist kann ich leider nicht mit Gewissheit sagen, der Ast lag schon eine gute Woche in meiner Box, bis ich den Hyphomycet untersucht habe. Weitere Infos in der Kollage:



    Vielen Dank und viele Grüße,
    Florian