Beiträge von Florian1986

Zitat von Craterelle

Zitat von Florian1986

Ich habe mal in rot eingekastelt, was wohl Sequenzierungsfehler/Auswertungsfehler sein könnten...

Sind das denn zwingend Fehler? Ich hatte das bisher für Abweichungen gehalten, wie sie zwischen verschiedenen Individuen einer Art normal sein könnten, es sind ja keine Klone.

LG, Craterelle

Hallo Craterelle,

deswegen hatte ich extra "könnte" geschrieben . Also die "R" sind auf jeden Fall Fehler in der Sequenzierung, die anderen halte ich zumindest für wahrscheinlich. Wenn du 10 Sequenzen hast, die exakt zueinander passen und dann eine, die in einer Base abweicht, dann sollte man da nochmal in die Rohdaten schauen, ob das tatsächlich eine Abweichung ist, oder ob die Sequenzierung an dieser Stelle nicht so genau war.

Hier mal so ein Beispiel:

Im ersten roten Kasten könnte das "N" entweder "A" oder "T" bedeuten, im zweiten roten Kasten könnte sich ein "T" zwischen den beiden "A" verstecken. Das muss man dann eben nochmal von Hand nacheditieren, sonst können schnell mal solche einzelnen Fehler passieren.

Liebe Grüße,
Florian

Hallo Craterelle,

da scheint etwas wirklich nicht so ganz zu passen.

Zuerst einmal dein Alignment der Maronenröhrlinge, das sieht ganz gut aus. Ich habe mal in rot eingekastelt, was wohl Sequenzierungsfehler/Auswertungsfehler sein könnten, in grün scheint wirklich eine Abweichung der nordamerikanischen Arten zu sein, das wirkt ganz realistisch.

Nachtrag: Was nicht so ganz Sinn macht sind die Gaps an Stellen, an denen bei keiner der Sequenzen eine Base steht. Warum sollte da eine Lücke sein?

Auf die Schnelle habe ich mal ein eigenes Alignment von zwei Penicillium-Arten mit einer Phoma-Art gebastelt (Sternchen zeigen die zueinander passenden Basen):

Ein schnelles Bäumchen zeigt das, was wir erwarten, die beiden Penicillium-Arten stehen näher beieinander, als bei der Phomar-Art:

Es ist wichtig, dass man die richtigen Abschnitte übereinanderlegt. Inwiefern du das bei deinem Alignment der verschiedenen Röhrlinge getan hast, das weiß ich natürlich nicht . Da solltest du auf jeden Fall darauf achten.

Liebe Grüße,
Florian

Zitat von Maria

Oh - da muss ich Euch leider alle enttäuschen Die EINZIG WAHREN und die mit großem Abstand ALLERBESTEN Krapfen sind natürlich nur die mit Hiffenmark!!!

Liebe Grüße

Maria

P.S.: Hiffenmark = Hagebuttenmark

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Volle Zustimmung!

Liebe Grüße,
Florian

Zitat von Craterelle

Diese drei also untereinandergelegt und ... Buchstabensalat. Das Alignment wird offenbar doch nicht artübergreifend gemacht und erschwert damit die Vergleichbarkeit zwischen verschiedenen Arten eher, statt sie zu erleichtert. Also habe ich es ganz entfernt und selbst versucht, ähnliche Abschnitte zu identifizieren.

Immerhin habe ich einen lange übereinstimmenden Abschnitt gefunden, über 100 Basenpaare, und dazu viele kürzere Schnipsel. Wenn ich Zeit finde, will ich auch noch Filzröhrlinge dazunehmen, in der Gattung hat die Marone ja auch mal gewohnt.

Meine Fragen im Moment:

1) Wieder zurück zu den Bindestrichen. Meine Hypothese hat sich in Teilen offensichtlich als falsch erwiesen. Die sind zwar Platzhalter, wo in einer Sequenz eine Base ist und in der anderen keine, aber wenn das Alignment nur dem innerartlichen Vergleich dient und nicht dem zwischen Arten, verwundert mich immer noch oder wieder, dass häufig eine Vielzahl an Bindestrichen gesetzt wird, wo einer genügt hätte.

2) Wie funktionieren die Regeln für das Alignment genau? Wenn z.B. zwischen zwei identischen Abschnitten einmal die Basenfolge CAATGTAGC und im anderen stattdessen TTG, würde die kürzere TTG-Gruppe zerstückelt als ---T-T-G-, um die bestmögliche Übereinstimmung (3 Basen) zu erreichen, oder lässt man sie zusammen (--TTG---- oder -----TTG-, je 2 Basen oder gar TTG------ bzw. ------TTG, 0 Basen)?

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Den Teil bis zu deinen Fragen habe ich leider nicht nachvollziehen können, das müsste man wohl sehen, was du da gemacht hast.

zur 1) Das Alignment dient durchaus dem Vergleich zwischen verschiedenen Arten, nur sollten da natürlich die Unterschiede größer sein, als "innerartlich". Du wirst also mehr "Bindestriche" (man sagt besser "gaps" dazu) bekommen, aber das sollte ja auch so sein. Im Idealfall hast du also keine "mismatches" (nicht zueinander passende Basen) innerhalb einer Art, wohl aber zu anderen Arten und zwar je mehr, desto weiter sollte die Art im Verwandtschaftsverhältnis entfernt stehen. Soweit nachvollziehbar?

zur 2) Die Regeln gibt ein Algorithmus an, der Strafpunkte verteilt. Das kann man beim Alignment dann einstellen, wie einem das beliebt. Es gibt da die Möglichkeit Strafpunkte für nichtpassende Basen (also dass ein "A" in der Sequenz mit einem "G" alignt) zu vergeben. Außerdem kann man Strafpunkte vergeben für "mache ein Gap" und "erweitere das Gap".
In deinem Beispiel würde also -TTG---- oder ----TTG- oder TTG------- entstehen, wenn die Strafpunkte für die Erweiterung eines gaps niedrig, für die Einführung eines gaps allerdings recht hoch sind (dann "kostet" es weniger die bereits entstehende Lücke zu erweitern, als ein neues gap einzuführen). ---T-T-G- hingegen wäre dann das Gegenteil, da müssten die Kosten für die Erweiterung eines gaps sehr hoch sein, für die Einführung eines neuen gaps hingegen niedrig.
Soweit auch einigermaßen verständlich?

Liebe Grüße,
Florian

Zitat von Nando

@all
Was mir noch eingefallen ist.
Frühjahsmorcheln können auch auf Rindenmulch ohne Kiefer in der Nähe wachsen (z.B. beim Discounter). Es war bei mir Ende April.
Es ist möglich welche auf dem selben Habitat wie für Morcheln zu finden. Mit Vorsicht zu beachten, wenn man die Lorcheln/Morcheln noch nicht kennt.

Viele Grüße,
Nando

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http://www.pilzforum.eu/board/…eide?pid=322253#pid322253

Ja, das kann ich bestätigen .

Viele Grüße,
Florian

Hallo Alis,

du hast da eine Flechte gefunden, die heftige Reaktion auf Lugol zeigt das deutlich. Welche Art das ist kann ich dir leider nicht sagen.

Viele Grüße,
Florian

Hallo Pablo,

Kein Problem😀. Beim Schlüsseln findet man ja manchmal die Wahlmöglichkeit "meist 8-sporig", daher die Überlegung, ob es da eventuell auch Fehlentwicklungen geben kann. Aber deine Erklärung leuchtet durchaus auch ein😀.

Liebe Grüße,
Florian

Fantastische Bilder, vor allem die Aktualisierungen von der Dendrostilbella!
@Pablo, du meinst sicher Trichoderma oder? Das könnte gut passen😀.

Liebe Grüße,
Florian

Hallo Pablo,

Na da habe ich mich wohl blöd ausgedrückt, ich meinte schon speziell diese Art😀. Auf den Bildern sieht es einmal nach 5 und einmal nach 7 Sporen, die ziemlich reif aussehen, pro Ascus aus. Das kann natürlich täuschen, aber 2 verschiedene Formen von Paraphysen in einer Art sind auch sehr abgefahren, deswegen hatte ich da sicherheitshalber mal nachgefragt😀.

Liebe Grüße,
Florian

Hallo Nobi,

stark! Ich freue mich schon auf die Fortsetzungen!

Sind die Asci nicht immer 8-sporig? Und arbeitest du mit schiefer Beleuchtung (letztes Bild)?

Liebe Grüße,
Florian

Hallo Dieter, Hallo Matthias,

ein paar wunderbare Beiträge habt ihr da in der letzten Zeit wieder verfasst. Die Bilder sind nicht nur Klasse anzusehen sondern dienen auch der Inspiration! Dadurch ist mir ein paar Tage nach eurem Beitrag ein grüner Schimmer an einem liegenden, entrindeten Fichtenast aufgefallen, der sich ebenfalls als Dendrostilbella smaragdina entpuppt hat! Leider sind meine Bilder nicht so hübsch wie eure, aber zur Bestimmung hat es gereicht .

Beste Grüße und vielen Dank,
Florian

Hallo Thorben,

toller Fund! Hast du zum Substrat eine Idee?

Viele Grüße,
Florian

Hallo Nobi,

vielen Dank . Falls Jemand ein Portrait erstellen möchte, kann ich die Bilder gerne zur Verfügung stellen .

Liebe Grüße,
Florian

Ich weiß ja nicht, was ihr habt... die Pfifferlinge im Supermarkt sehen doch auch so aus!

Hallo Chris,

tolle Eindrücke, vielen Dank! Vor allem die Landschaftsaufnahmen bringen Urlaubs-Feeling . Und ein Pilz ist ja auch mit dabei .

Viele Grüße,
Florian

Hallo zusammen,

auf meinen Pferdeäpfeln habe ich ein Pilzchen gefunden, das ich für Podospora decipiens halte, bzw. da lande ich beim Schlüsseln und auch der Bildervergleich stimmt ganz gut. Passt die Bestimmung eurer Meinung nach soweit?

Hier die Daten und Bilder:
Pericthecien: Schwarz, ins Subtrat eingesenkt, mit langgezogener, verjüngter Spitze. Aufbau aus Textura angularis. Haarlos, jedoch mit Tuberkeln.
Asci: Im Präparat keine gefunden, allerdings lässt die Anordnung einiger Sporen auf 8-sporige Asci schließen.
Paraphysen: Im Präparat keine herausarbeitbar.
Sporen: Junge wie alte Sporen haben die gleiche Form. Die Farbe reicht von hyalin über grünlich bis hin zu fast schwarz im Alter. Jung ist ein Muster (Ornament?) zu erkennen, die Sporen wirken dabei punktiert. Anhängsel sind vorhanden, vor allem bei jungen Sporen ist das gut zu erkennen. Die Sporen messen bei Reife 36 - 40 x 17,5 - 19 µM.

Vielen Dank und viele Grüße,
Florian

Hallo zusammen,

nicht die schönsten Bilder, aber ich habe endlich die Haare gefunden:

Das hatte mir keine Ruhe gelassen .

Liebe Grüße,
Florian

Zitat von Rada

Ernsthaft. Schafdung riecht recht streng, wenn er nicht all zu alt ist und ist eher in Kolben verpresst. Bei der Ziege sind es mehr einzelne Kuddeln mit Zapfen, wie sie auf Deinen Fotos gut zu sehen sind. Bei altem Dung hab ich aber auch manchmal Schwierigkeiten, weil die Schafkolben oft zerfallen.

Hallo Ralf,

ich habe mal Erkundigungen angestellt, auf der Weide gibt es wohl nur Schafe. Es scheint also doch Schafdung zu sein.

Zitat von Rada

bei unreifen Apothecien passiert gar nix.

Danke Ralf .

Liebe Grüße,
Florian

Hallo Dodo,

lecker . Herzlichen Glückwunsch zu den späten Funden!
Bei meinen vom Wochenende war leider der Frost doch schneller:

Viele Grüße,
Florian

Hallo zusammen,

knapp ein Jahr später in der selben Ecke :

Viele Grüße,
Florian

Hallo Nobi,

herzlichen Dank für die Bestimmung! Ich habe gestern nochmal versucht die Haare zu finden, war aber leider nicht erfolgreich . Gibt es da irgendeinen Trick, wie man die am Besten findet?

Was mir noch aufgefallen ist: Bei meinem Fund und auf Vergleichsbildern scheint das Pigment in den Paraphysen eher basisnah zu sitzen, bei C. granulata eher in Richtung der Spitzen. Ist das ein konsistentes Merkmal?

Liebe Grüße,
Florian

Hallo Ralf,

vielen Dank für die Aufklärung über den Dung .
Deine Methode zur besseren Mikroskopie von Sporen finde ich klasse und werde sie auf jeden Fall bei passender Gelegenheit ausprobieren. Wenn ich allerdings keine reifen Sporen habe, verfälsche ich dann nicht das Ergebnis, wenn ich die Sporen aus den Asci zwinge? Oder meinst du, dass in dem Fall die Methode gar nicht funktionieren würde?

Liebe Grüße,
Florian

Hallo Ralf,

Klasse . Vor allem das herrliche Bild mit der Amsel .

Stefan:
Dann solltest du hoffen, dass nicht alles voller Ockerbrauner Tricherlinge (Infundibulicybe gibba) steht :nana: .

Liebe Grüße,
Florian

Hallo zusammen,

die Pilzchen liegen nun schon ein paar Tage in Kultur, haben sich aber nicht wesentlich verändert. Reingeschaut habe ich aber bislang auch nicht mehr, das ist für Anfang der nächsten Woche wieder geplant.

Stefan: So ein paar Becherchen wird man ja noch einpacken dürfen .

pilzpic: Rein makroskopisch könnte das zwar passen, aber ich habe nur eine einzige Art mit nicht-runden Sporen finden können. Da passen aber die restlichen Merkmale nicht.

nobi_†:
Ja, das Mikro muss ich mal wieder putzen, zudem hat mein Handy, mit dem ich momentan noch durchs Okular knipse (das muss ich auch mal ändern) die blöde Eigenschaft, dass es gerne auf Staubkörnchen fokussiert . Ich hatte aber so auch keine Streifen gesehen, da muss ich nochmal drauf achten.
Dass das Material noch reifen muss, das denke ich auch, ich hatte ja keine freien Sporen gesehen, das ist natürlich für die Messungen nicht optimal. Ich bleib aber dran, solange das Material in Ordnung ist .

Apropos, hast du oder Jemand von den Anderen Interesse an einer Probe? Solange das Material gut aussieht kann ich gerne etwas verschicken.

Vielen Dank und liebe Grüße,
Florian

P.S.: Gibt es eine Möglichkeit, wie ich Dung von Schaf und Ziege unterscheiden kann? Leider weiß ich nicht, welche Tiere das Gebiet beweidet haben.

Hallo Charlotte,

interessanter Gedanke mit dem Ascobolus. Allerdings sollte da die Lugol-Reaktion + (blau) sein, oder kann das in dem Stadium bei Ascobolus ausbleiben?
Meine Befürchtungen sind erstens, dass die Becherchen noch nicht komplett ausgereift (passt zu deiner Idee) und zweitens die Paraphysen irgendwie geschädigt sein könnten (aber bei allen Apothecien?).
Verwirrend .

Liebe Grüße,
Florian