Hallo zusammen,
da ihr ja auch durch meinen Post mit dem "Perlpilz ohne rot " auf das Thema gekommen seit, schildere ich mal meine Erfahrungen mit AlvaLab, der Firma von Pablo Alvarado
Ich habe schon desöfteren Proben dort sequenzieren lassen
Einfach ein kleines Stück des Pilzes möglichst frisch nach dem Sammeln trocknen , am besten mit Fruchtschicht und ohne anhaftenden Dreck / Moos usw.
Dabei die Temperatur gering halten und wirklich gut durchtrocknen.
Dann die Proben in Plastik Zip-Beutel geben und beschriften
Die Sendung per EMail bei Alvalab ankündigen und per Post nach Spanien schicken
Nach 2 - 3 Wochen bekommt man eine EMail mit den Ergebnissen.
Im kostengünstigsten Fall bekommt man eine AB1 -Datei zu jeder Probe, ( Rohdaten der Sequenzierung)
Die kann man mit freier Software ( z.B. MEGA X) öffen und in ein FASTA file konvertieren
Das FASTA - file enthält die Gen-Sequenz als Folge der Basen-Paare G A T C
Diese File können direkt bei den Gendatenbanken UNITE ( nur für Pilze) oder GENBANK ( allgemein) eingelesen werden.
Ein Analyse der Daten spukt dann die ähnlichste, bereits gespeicherten Sequenzen aus.
Jetzt brauchte es etwas Erfahrung , die Ergebnisse zu beurteilen.
Viele Sequenzen in der Datenbank sind namenlos oder von Übersee usw.
Taucht ein Artname auf sollte man prüfen vom wem die Art bestimmt wurde , ich persönlich würde nur einem bekannten Gattungsspezialisten trauen
Optimal ist wenn die eigene Sequenz dem Typus-Beleg zu 99 -100% gleicht.
Das Prozeder klingt schwieriger wie es wirklich ist, am besten man hat aber jemand an der Hand der sich etwas auskennt.
Die Brutto - Kosten einer solchen Sequenzierung bei Alvalab liegen bei etwas über 20 € , da die Preise auf der Homepage noch keine MwSt. enthalten
Natürlich kann eine Sequenzierung auch scheitern, wenn das Material fehlerhaft ist
Ich hatte aber bisher eine Erfolgsquote von 95%
Ich hoffe das hilft etwas.
Die komplette Sequenzierungsprozedur zu beschreiben ist in einem solchen Thread nicht möglich
Ausserdem bin ich Laie, kein Biologe und damit reiner Anwender
beste Grüße
Uwe