Man unterscheidet meistens zwischen 3 Typen von Mykorrhiza:
1 Ektomykorrhiza:
Bei diesem Typ von Mykorrhiza umhüllt der Mykorrhizapilz die Saugwurzeln der Pflanzen mit einem Hyphenmantel, genannt Hartig'sches Netz. Die Fäden (Hyphen) des Pilzes dringen in der Folge bis in die Bodenmatrix ein.
Bäume, die diese Mykorrhiza eingehen, sind meistens Weide-, Birken-, Buchen-, Rosen- oder Kieferngewächse.
Bei den Pilzen sind es Basidiomyceten (Ständerpilze) aus den Ordnungen Agaricales und Boletales, sowie manche Ascomyceten (Schlauchpilze).
2 Endomykorrhiza:
Im Gegensatz zur Ektomykorrhiza (siehe oben) fehlt das Hartig'sche Netz, dass die Wurzeln der Pflanzen umgibt, hier. Dafür dringt ein Teil der Hyphen des Pilzes in die Wurzelrinde der Pflanze ein und sorgt so für den Ausstausch zwischen beiden Partnern.
Pflanzen, die die Endomykorrhiza eingehen sind fast ausschließlich krautige Pflanzen und nur selten Bäume. Manche Pflanzen gehen fast immer eine Endomykorrhiza ein und für manche ist diese Form der Mykorrhiza äußerst wichtig für ihre Entwicklung: Wintergrün- und Heidekrautgewächse sowie Orchideen.
Der Goldröhrling wird auch Lärchenröhrling genannt, da er nur bei Lärchen vorkommt. 
3 Arbuskuläre Mykorrhiza (vesikulär-arbusculäre Mykorrhiza):
Die Arbuskuläre Mykorrhiza ist eine spezielle Form der Endomykorrhiza (siehe oben) und unterscheidet sich von dieser durch die Bildung von Arbuskeln (verzweigte Hyphen innerhalb der Wurzelzellen) und Vesikeln (dickwandige Hyphen im Wurzelgewebe der Pflanzen).
Eine weitere Einteilung der Mykorrhiza wurde von Smith & Read (1997) getroffen, welche insgesamt 7 Mykorrhizen unterscheidet. Diese Mykorrhizen sind wie folgt eingeteilt:
3.1 mutualistische Mykorrhizen:
- Ektomykorrhiza
- Ektendomykorrhiza
- Arbutoide Mykorrhiza
- Ericoide Mykorrhiza
- Vesikular-arbuskuläre Mykorrhiza